cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# H	Logfile
✘	7EWR	31363	2025-08-26	2021-05-26	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25779	2516	6	0	0	6804	logfile
✘	7N0K	24107	2025-08-22	2021-05-25	3.5	4.16	—	4.1	0.003	0.56	0.0	0.03	18.36	0.00	2.238	8.16	7.46	1.0	99.0	0.0	-2.20	0.63	0.77	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5154	626	2	0	0	0	logfile
✘	7EWK	31350	2025-08-26	2021-05-25	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32765	3110	27	0	196	0	logfile
✘	7EWL	31351	2025-08-23	2021-05-25	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13784	994	2	0	0	6756	logfile
✘	7EWP	31360	2025-08-25	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	6804	logfile
✘	7EW6	31348	2025-08-26	2021-05-24	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32973	3108	27	0	199	0	logfile
✘	7oMM	12990	2025-08-23	2021-05-24	3.4	3.84	—	3.8	0.010	1.47	6.0	0.10	18.84	0.01	1.818	11.97	16.45	9.3	90.2	0.5	-2.70	0.49	0.47	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13981	1794	4	0	0	0	logfile
✘	7MTD	23983	2025-08-24	2021-05-13	3.5	2.75	3.50	3.5	0.007	0.91	0.0	0.06	9.99	0.01	2.308	2.23	0.15	6.5	93.5	0.0	-4.05	0.71	0.81	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18833	2348	20	0	41	0	logfile
✘	7MPE	23932	2025-08-23	2021-05-04	3.2	3.91	—	3.8	0.005	0.69	0.0	0.04	14.10	0.00	2.174	14.48	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.52	0.62	0.77	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11214	1428	1	0	0	0	logfile
✘	7Mo7	23919	2025-08-24	2021-05-01	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18135	2329	5	0	6	0	logfile
✘	7Mo9	23921	2025-08-23	2021-05-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9755	1247	4	0	6	0	logfile
✘	7Mo8	23920	2025-08-23	2021-05-01	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9877	1250	3	0	6	0	logfile
✘	7EQG	31265	2025-08-25	2021-05-01	3.2	3.31	—	3.3	0.005	0.83	0.0	0.05	18.85	0.01	1.791	6.69	0.68	7.1	92.8	0.0	-3.71	0.77	0.81	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26301	3118	17	131	0	0	logfile
✘	7MoA	23922	2025-08-23	2021-05-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12511	1580	5	0	12	0	logfile
✘	7oBB	12797	2025-08-26	2021-04-21	3.3	3.99	3.31	3.5	0.012	1.19	3.0	0.07	11.91	0.01	2.236	5.46	0.64	7.8	92.2	0.0	-4.18	0.83	0.72	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33048	4113	20	17	7	0	logfile
✘	7MiT	23864	2025-08-24	2021-04-17	3.4	3.50	—	3.5	0.010	1.16	0.0	0.05	20.21	0.01	2.057	8.11	0.00	6.6	93.4	0.0	-0.87	0.59	0.80	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2812	11	0	34	0	logfile
✘	7EMY	31198	2025-08-26	2021-04-15	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41020	2670	4	0	8	20502	logfile
✘	7MHS	23835	2025-08-24	2021-04-15	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21148	2652	11	0	48	0	logfile
✘	7EN2	31200	2025-08-26	2021-04-15	3.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42019	2731	4	0	4	21010	logfile
✘	7EN1	31199	2025-08-26	2021-04-15	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40862	2656	4	0	8	20419	logfile