Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7P7M	13240	2025-08-26	2021-07-19	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37390	4720	25	0	26	0	0	logfile
✘	7FD5	31535	2025-08-26	2021-07-16	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37179	4674	13	0	34	0	0	logfile
✘	7FD4	31534	2025-08-26	2021-07-16	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37182	4674	13	0	34	0	0	logfile
✘	7P5Y	13208	2025-08-26	2021-07-15	3.29	2.97	3.19	3.1	0.002	0.49	0.0	0.04	11.33	0.00	2.158	10.42	2.64	3.5	96.5	0.0	-0.32	0.72	0.72	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41106	5028	12	0	0	0	0	logfile
✘	7RAZ	24390	2025-08-23	2021-07-05	3.4	4.46	3.16	3.9	0.004	0.87	0.0	0.04	13.68	0.00	2.201	11.69	0.00	2.3	97.7	0.0	1.13	0.79	0.85	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1330	14	0	7	0	0	logfile
✘	7P1G	13158	2025-08-25	2021-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28580	3620	30	5	25	0	0	logfile
✘	7P1H	13159	2025-08-23	2021-07-01	3.9	4.12	—	3.9	0.005	1.01	0.0	0.05	14.38	0.01	2.016	12.38	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.60	0.81	0.60	0.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13966	898	4	0	2	0	6926	logfile
✘	7oZU	13135	2025-08-22	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7R91	24322	2025-08-23	2021-06-28	2.83	3.10	2.88	3.1	0.003	0.55	0.0	0.04	14.98	0.00	2.207	5.01	0.19	2.5	97.5	0.0	0.49	0.61	0.86	3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14320	1786	7	0	6	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2025-08-22	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7R77	24294	2025-08-23	2021-06-24	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14980	1830	4	25	5	0	0	logfile
✘	7R78	24295	2025-08-24	2021-06-24	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15238	1880	4	18	8	0	0	logfile
✘	7R76	24292	2025-08-23	2021-06-24	3.2	3.43	—	3.3	0.008	1.02	1.0	0.06	14.99	0.01	1.995	12.66	0.38	9.0	91.0	0.0	-2.71	0.74	0.79	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14500	1834	2	0	5	0	0	logfile
✘	7NAF	24271	2025-08-24	2021-06-21	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18868	1341	17	378	1	2	0	logfile
✘	7N9A	24253	2025-08-22	2021-06-17	3.5	2.68	—	2.4	0.007	1.29	0.0	0.06	12.63	0.01	2.135	19.96	0.00	2.9	97.1	0.0	-0.16	0.72	0.70	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2431	312	2	0	0	0	0	logfile
✘	7oRi	13038	2025-08-24	2021-06-06	3.9	3.96	—	3.7	0.005	0.57	0.0	0.04	15.32	0.00	1.911	9.29	1.30	3.4	96.6	0.0	1.23	0.86	0.85	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17326	2007	5	44	3	0	0	logfile
✘	7oQC	13029	2025-08-26	2021-06-03	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35050	3078	19	568	53	0	0	logfile
✘	7EZ2	31386	2025-08-22	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile
✘	7N33	24137	2025-08-24	2021-05-31	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16524	2076	12	12	0	0	0	logfile
✘	7N17	24115	2025-08-24	2021-05-27	3.1	3.51	—	3.4	0.009	1.32	4.0	0.06	18.63	0.01	2.355	3.44	1.28	2.9	97.1	0.0	-4.58	0.67	0.86	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17596	2068	8	0	24	0	0	logfile

• ← previous
• Page 41 of 57
• next →