Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7VDD	31914	2025-08-23	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7PM8	13524	2025-08-23	2021-09-02	3.5	3.91	3.50	3.4	0.004	0.88	1.0	0.05	15.71	0.01	1.732	6.40	0.09	0.3	99.7	0.0	-1.60	0.90	0.83	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10149	1260	7	0	5	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2025-08-24	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7S0C	24786	2025-08-25	2021-08-30	3.25	3.47	—	3.5	0.012	0.96	2.0	0.06	13.41	0.01	1.826	13.60	0.19	5.1	94.7	0.2	-0.32	0.69	0.81	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29598	3818	16	0	31	0	0	logfile
✘	7V81	31786	2025-08-26	2021-08-22	3.2	3.68	—	3.5	0.006	0.69	0.0	0.05	15.47	0.00	2.068	10.77	0.03	6.5	93.5	0.0	-0.70	0.80	0.81	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35247	4311	39	0	82	0	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2025-08-22	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7RWA	24712	2025-08-24	2021-08-19	4.7	5.66	5.46	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2025-08-22	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.43	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7RU0	24692	2025-08-24	2021-08-16	4.3	3.77	—	4.2	0.005	1.13	0.0	0.06	14.47	0.01	2.146	8.34	0.00	6.9	93.1	0.0	-3.06	0.48	0.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12284	1536	8	0	4	0	0	logfile
✘	7PEY	13361	2025-08-23	2021-08-11	4.5	5.20	—	3.8	0.006	0.90	0.0	0.05	29.81	0.01	2.177	7.49	0.00	1.6	98.4	0.0	-0.09	0.89	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13099	768	10	342	0	0	0	logfile
✘	7V2Y	31670	2025-08-24	2021-08-10	3.4	3.56	—	3.5	0.005	0.96	0.0	0.05	16.29	0.01	2.276	3.85	0.34	7.5	92.4	0.1	-6.23	0.69	0.78	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23097	2846	6	0	0	0	0	logfile
✘	7RQU	24636	2025-08-26	2021-08-08	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35602	2416	8	0	38	0	16568	logfile
✘	7PBQ	13299	2025-08-25	2021-08-02	3.1	3.08	—	3.0	0.004	0.72	0.0	0.04	14.86	0.01	1.821	1.53	0.19	1.2	98.8	0.0	-0.62	0.81	0.84	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31323	1918	15	30	10	0	15439	logfile
✘	7FiG	31596	2025-08-23	2021-07-31	3.9	4.18	—	4.1	0.007	1.11	0.0	0.06	13.42	0.01	2.011	3.44	0.00	5.3	94.7	0.0	-2.06	0.65	0.76	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12839	1632	10	0	5	0	0	logfile
✘	7P9V	13267	2025-08-22	2021-07-28	3.4	3.60	3.37	3.5	0.006	0.89	0.0	0.05	15.25	0.01	2.104	15.53	0.00	11.5	88.5	0.0	-2.67	0.62	0.78	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7286	919	6	0	8	0	0	logfile
✘	7FGG	31580	2025-08-27	2021-07-27	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45132	5412	36	0	48	1764	0	logfile
✘	7RMG	24569	2025-08-22	2021-07-27	3.0	3.53	2.91	3.4	0.004	0.76	0.0	0.05	12.65	0.01	2.290	3.58	0.14	2.7	97.3	0.0	-0.92	0.75	0.80	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7316	968	7	0	1	0	0	logfile
✘	7FGH	31581	2025-08-27	2021-07-27	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44532	5436	36	12	24	1416	0	logfile
✘	7FG2	31574	2025-08-23	2021-07-25	4.4	3.87	—	3.9	0.007	1.14	0.0	0.05	14.43	0.01	2.053	32.59	0.19	17.8	81.7	0.4	-3.95	0.38	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9342	1202	2	0	0	0	0	logfile
✘	7RKH	24497	2025-08-26	2021-07-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35352	2236	8	0	16	0	17564	logfile

• ← previous
• Page 40 of 57
• next →