Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7W0L	32243	2025-08-23	2021-11-18	3.57	2.46	3.66	2.2	0.010	0.94	0.0	0.05	15.21	0.00	1.891	14.69	0.08	8.6	91.3	0.1	-3.27	0.76	0.78	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11526	1455	8	0	2	0	0	logfile
✘	7VYF	32203	2025-08-25	2021-11-14	2.8	2.86	—	2.8	0.007	0.84	0.0	0.05	14.53	0.01	2.078	6.40	0.03	3.9	96.0	0.1	-0.15	0.74	0.88	4.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28456	3543	27	0	17	0	0	logfile
✘	7Q8B	13863	2025-08-23	2021-11-11	3.3	3.20	3.22	3.2	0.004	0.50	0.0	0.05	10.85	0.00	2.012	3.72	0.00	2.7	97.3	0.0	1.33	0.70	0.86	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14640	1850	10	0	15	0	0	logfile
✘	7VV6	32139	2025-08-22	2021-11-04	3.3	3.47	—	3.4	0.010	1.38	0.0	0.07	19.05	0.01	2.291	8.58	10.37	5.2	94.8	0.0	-4.22	0.62	0.83	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2227	271	2	0	2	0	0	logfile
✘	7SPC	24770	2025-08-25	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.98	—	—	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.53	—	—	—	2.86	29716	3978	34	0	0	0	0	logfile
✘	7SoC	25266	2025-08-22	2021-10-29	3.3	3.48	3.25	3.5	0.011	1.23	0.0	0.07	13.13	0.00	2.526	0.89	0.00	1.9	98.1	0.0	0.30	0.70	0.86	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3448	433	5	0	7	0	0	logfile
✘	7SN2	25209	2025-08-23	2021-10-27	4.3	3.73	—	3.6	0.007	1.35	1.0	0.07	17.66	0.01	1.905	8.43	0.00	0.8	98.9	0.3	-1.92	0.54	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10092	650	5	0	10	0	4904	logfile
✘	7VRW	32108	2025-08-25	2021-10-25	3.6	3.72	—	3.7	0.004	0.70	0.0	0.05	14.53	0.00	2.154	11.28	0.04	5.1	94.9	0.0	-2.22	0.68	0.75	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25989	3231	20	0	57	0	0	logfile
✘	7VQ4	32085	2025-08-22	2021-10-19	3.2	3.54	—	3.6	0.007	0.74	0.0	0.04	16.10	0.00	2.155	9.59	2.30	6.6	93.4	0.0	-1.96	0.61	0.79	1.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6306	800	2	0	0	0	0	logfile
✘	7Q13	13753	2025-08-24	2021-10-17	3.0	3.14	3.01	3.1	0.004	0.72	0.0	0.35	19.55	0.00	2.208	10.45	1.12	5.4	94.6	0.0	-0.01	0.75	0.75	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20368	2488	12	4	8	0	0	logfile
✘	7Voo	32052	2025-08-24	2021-10-14	3.9	4.07	—	3.9	0.004	0.94	1.0	0.05	19.36	0.01	1.930	21.43	0.29	12.7	86.9	0.4	-2.96	0.61	0.69	1.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1245	6	0	12	0	0	logfile
✘	7SiP	25147	2025-08-22	2021-10-14	3.0	3.27	—	3.3	0.011	1.17	0.0	0.04	17.47	0.01	2.313	3.17	0.00	0.9	99.1	0.0	0.93	0.63	0.81	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7560	892	12	0	36	20	0	logfile
✘	7SiD	25141	2025-08-27	2021-10-13	2.53	2.17	—	2.6	0.003	0.53	0.0	0.04	14.38	0.01	2.072	4.12	0.77	1.7	98.3	0.0	2.49	0.61	0.61	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44650	5566	6	0	4	0	0	logfile
✘	7VLT	32026	2025-08-23	2021-10-05	3.1	3.37	3.11	3.4	0.004	0.60	0.0	0.04	13.02	0.00	1.963	3.30	2.19	1.9	98.1	0.0	0.12	0.67	0.83	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9024	1145	2	0	6	0	0	logfile
✘	7SAU	24957	2025-08-22	2021-09-23	3.0	2.41	2.80	2.7	0.005	0.61	0.0	0.04	13.77	0.01	2.122	6.13	0.15	5.1	94.9	0.0	0.64	0.61	0.84	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6317	791	7	0	0	0	0	logfile
✘	7SAR	24954	2025-08-23	2021-09-23	3.2	3.05	—	3.5	0.005	0.87	0.0	0.07	13.63	0.01	2.157	15.13	0.00	11.3	88.7	0.0	-3.51	0.50	0.76	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11420	1350	20	0	40	0	0	logfile
✘	7VHQ	32003	2025-08-24	2021-09-22	3.27	3.68	—	3.5	0.003	0.60	0.0	0.04	13.43	0.00	2.165	9.50	0.00	3.1	96.9	0.0	1.82	0.73	0.82	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16650	2076	12	0	0	0	0	logfile
✘	7S8N	24898	2025-08-22	2021-09-18	2.9	2.20	2.93	2.1	0.012	0.90	0.0	0.06	13.07	0.01	2.202	4.22	0.00	5.1	94.9	0.0	-0.33	0.79	0.80	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8154	1090	6	0	1	0	0	logfile
✘	7PPo	13583	2025-08-23	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10990	1383	5	0	2	0	0	logfile
✘	7VFD	31949	2025-08-23	2021-09-13	2.25	2.33	2.21	2.3	0.004	0.53	0.0	0.05	12.47	0.00	2.204	3.62	0.60	3.7	96.3	0.0	-0.65	0.81	0.88	6.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13262	1623	6	0	0	350	0	logfile

• ← previous
• Page 39 of 57
• next →