Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7AFi	11766	2025-08-26	2020-09-19	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33803	1387	14	1066	46	0	0	logfile
✘	7K65	22689	2025-08-23	2020-09-18	3.4	3.95	3.54	3.9	0.007	0.88	0.0	0.06	13.57	0.00	2.213	9.59	0.00	2.9	97.1	0.0	-1.91	0.54	0.76	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8796	1120	4	0	11	0	0	logfile
✘	7K5Y	22684	2025-08-24	2020-09-17	2.76	3.18	—	3.1	0.004	0.65	0.0	0.04	27.04	0.00	2.108	7.00	0.00	1.4	98.6	0.0	1.74	0.77	0.81	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18258	1297	13	394	0	0	0	logfile
✘	7K4F	22667	2025-08-24	2020-09-15	3.75	4.23	—	4.2	0.012	1.38	0.0	0.06	12.59	0.01	2.231	4.53	1.50	12.1	87.9	0.0	-5.98	0.57	0.85	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19875	2456	8	0	6	0	0	logfile
✘	7K3A	22654	2025-08-24	2020-09-10	4.2	4.49	—	4.2	0.005	0.86	0.0	0.05	14.88	0.00	2.053	12.81	0.17	5.1	94.9	0.0	-0.62	0.85	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	2691	27	0	54	0	0	logfile
✘	7D0C	30530	2025-08-25	2020-09-09	3.4	3.59	—	3.5	0.011	1.32	0.0	0.07	17.37	0.01	1.962	17.91	10.05	8.9	89.8	1.4	-3.67	0.74	0.77	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30966	3860	32	0	70	0	0	logfile
✘	7K1N	22626	2025-08-26	2020-09-08	3.9	4.03	—	3.9	0.007	1.06	2.0	0.06	17.01	0.01	2.179	6.01	0.78	13.2	86.4	0.4	-4.97	0.75	0.78	1.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39521	4779	7	74	0	0	0	logfile
✘	7K23	22641	2025-08-24	2020-09-08	3.3	3.44	3.14	3.4	0.007	0.81	0.0	0.05	17.18	0.00	1.620	19.47	5.40	9.3	90.5	0.2	-3.86	0.32	0.62	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21923	2781	15	0	0	0	0	logfile
✘	7CZ5	30505	2025-08-22	2020-09-07	2.6	2.89	—	2.9	0.004	0.69	0.0	0.05	13.23	0.00	2.186	6.20	0.00	3.3	96.7	0.0	-2.04	0.60	0.80	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8336	1046	11	0	3	3	0	logfile
✘	7CX2	30489	2025-08-22	2020-09-01	2.8	3.21	—	3.1	0.004	0.71	0.0	0.05	13.64	0.01	1.994	8.54	0.12	3.7	96.3	0.0	-2.13	0.69	0.82	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7930	1020	6	0	1	1	0	logfile
✘	7CX4	30491	2025-08-22	2020-09-01	2.9	3.15	—	3.1	0.004	0.64	0.0	0.05	12.92	0.00	2.032	8.49	0.00	3.5	96.5	0.0	-1.78	0.66	0.80	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7926	1020	6	0	1	0	0	logfile
✘	7A8Z	11680	2025-08-22	2020-08-31	3.35	3.81	3.38	3.7	0.004	0.59	0.0	0.04	14.41	0.00	2.254	7.18	0.00	7.6	92.3	0.1	-1.49	0.68	0.75	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8402	1103	2	0	0	0	0	logfile
✘	7JRP	22448	2025-08-27	2020-08-12	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45166	5472	46	0	57	0	0	logfile
✘	7CP9	30421	2025-08-23	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	17.40	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	0	logfile
✘	7Jo9	22408	2025-08-23	2020-08-06	3.3	3.00	—	3.2	0.009	0.74	0.0	0.04	25.95	0.01	2.222	4.80	0.41	5.1	94.9	0.0	0.34	0.79	0.82	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14994	1125	12	290	1	0	0	logfile
✘	7JoA	22409	2025-08-23	2020-08-06	3.3	3.05	—	3.2	0.010	0.80	0.0	0.04	25.95	0.01	2.206	6.32	0.00	6.5	93.5	0.0	-0.33	0.79	0.82	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14994	1125	12	290	1	0	0	logfile
✘	6ZY5	11550	2025-08-23	2020-07-30	3.6	3.95	3.54	4.1	0.011	1.17	0.0	0.09	13.85	0.01	2.219	6.24	0.15	1.8	98.2	0.0	-0.64	0.73	0.74	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13504	1520	8	60	2	0	0	logfile
✘	6ZY2	11547	2025-08-23	2020-07-30	3.6	3.75	—	3.7	0.003	0.66	0.0	0.04	11.67	0.00	2.308	2.92	0.18	3.9	96.1	0.0	-5.61	0.67	0.75	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15718	2091	12	0	0	0	0	logfile
✘	7JHJ	22338	2025-08-22	2020-07-20	3.2	3.36	—	3.3	0.009	0.87	0.0	0.06	13.45	0.01	2.273	4.36	0.45	5.4	94.6	0.0	-3.50	0.74	0.84	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8486	1117	6	0	1	0	0	logfile
✘	7JGR	22329	2025-08-24	2020-07-19	3.9	4.26	3.87	3.9	0.006	0.95	0.0	0.05	17.95	0.01	1.799	5.63	0.36	4.1	95.9	0.0	-2.88	0.87	0.84	1.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21717	2531	13	68	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 46 of 57
• next →