Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7CKM	30388	2025-08-23	2020-07-17	3.37	3.45	—	3.4	0.004	0.84	1.0	0.04	14.02	0.00	2.250	7.21	3.56	8.6	91.4	0.0	-2.94	0.75	0.81	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13114	1652	4	0	5	0	0	logfile
✘	6Zoo	11326	2025-08-26	2020-07-07	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38497	3341	33	0	243	2	0	logfile
✘	6ZNN	11318	2025-08-24	2020-07-06	4.5	5.10	4.02	4.4	0.015	1.77	0.0	0.09	13.32	0.00	1.790	1.72	0.00	7.7	92.2	0.1	-3.13	0.78	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19457	2320	17	0	328	0	0	logfile
✘	6ZN2	11309	2025-08-23	2020-07-06	4.3	2.35	1.69	4.5	0.004	0.93	0.0	0.04	15.06	0.01	2.001	21.27	6.35	4.3	95.7	0.0	-1.42	0.74	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11320	1412	12	0	8	0	0	logfile
✘	7CH0	30367	2025-08-24	2020-07-03	3.7	3.78	—	3.8	0.008	1.11	0.0	0.06	16.22	0.01	1.910	4.84	6.24	10.7	89.0	0.2	-6.21	0.64	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15856	2092	14	0	2	0	0	logfile
✘	6ZKA	11242	2025-08-26	2020-06-30	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40800	4694	74	0	28	1293	0	logfile
✘	6ZKB	11243	2025-08-26	2020-06-30	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39924	4703	72	0	25	446	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2025-08-23	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	6XM3	22254	2025-08-25	2020-06-29	2.9	3.02	2.91	3.0	0.012	1.06	3.0	0.07	14.38	0.01	2.233	3.36	0.66	7.4	92.5	0.2	-4.38	0.66	0.86	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25384	3143	23	0	60	0	0	logfile
✘	6XLC	22239	2025-08-23	2020-06-28	3.66	3.01	—	3.7	0.003	0.52	0.0	0.04	12.92	0.00	2.079	6.07	0.00	1.6	98.4	0.0	-2.69	0.66	0.64	1.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9858	1212	4	0	4	0	0	logfile
✘	6XKY	22229	2025-08-26	2020-06-27	3.2	3.13	3.17	3.2	0.006	0.55	0.0	0.03	10.04	0.00	1.588	4.63	0.48	1.5	98.5	0.0	2.67	0.52	0.87	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38760	5420	20	0	0	0	0	logfile
✘	6ZGG	11205	2025-08-25	2020-06-18	3.8	4.33	4.00	4.0	0.001	0.41	0.0	0.04	5.80	0.00	2.231	3.83	1.00	12.4	87.1	0.5	-2.52	0.84	0.74	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25096	3207	3	0	0	0	0	logfile
✘	7CCR	30340	2025-08-25	2020-06-17	4.9	6.57	—	4.8	0.007	0.96	0.0	0.06	24.75	0.01	1.593	7.02	0.11	4.4	95.6	0.0	-2.64	0.83	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29722	2202	22	588	0	0	0	logfile
✘	6XFA	22168	2025-08-25	2020-06-15	3.6	3.70	—	3.6	0.010	0.93	0.0	0.05	14.34	0.00	2.205	5.84	0.57	8.0	92.0	0.0	-3.71	0.81	0.85	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31730	4060	20	0	20	0	0	logfile
✘	6ZDG	11173	2025-08-25	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.51	0.0	0.04	9.08	0.00	1.891	7.07	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	6XEZ	22160	2025-08-24	2020-06-14	3.5	4.13	—	4.0	0.014	1.17	0.0	0.06	19.28	0.01	1.146	20.09	10.77	13.0	86.9	0.1	-4.50	0.83	0.84	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21742	2563	11	70	19	0	0	logfile
✘	6ZBG	11154	2025-08-24	2020-06-08	3.2	3.97	3.37	3.6	0.010	1.20	0.0	0.07	13.62	0.01	2.468	1.13	0.00	1.1	98.9	0.0	0.72	0.84	0.78	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19534	1160	4	0	0	0	9902	logfile
✘	6Z80	11113	2025-08-26	2020-06-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21460	2660	40	0	20	0	0	logfile
✘	6X6A	22074	2025-08-24	2020-05-27	3.6	3.58	—	3.4	0.010	1.29	0.0	0.08	14.43	0.01	2.206	13.72	0.45	7.5	92.4	0.1	-2.80	0.86	0.83	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20240	2524	8	0	0	0	0	logfile
✘	6X5A	22047	2025-08-23	2020-05-25	4.36	4.99	—	4.3	0.008	0.89	0.0	0.05	26.99	0.01	2.107	17.78	1.66	6.2	93.7	0.2	-1.94	0.90	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14963	1123	12	290	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 47 of 57
• next →