Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6X3E	22020	2025-08-23	2020-05-21	3.42	3.51	—	3.5	0.006	0.90	0.0	0.06	14.42	0.01	2.083	3.23	0.00	2.9	97.1	0.0	-6.06	0.60	0.87	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9469	1242	5	0	3	0	0	logfile
✘	6Z3R	11063	2025-08-26	2020-05-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35481	2509	8	0	131	0	16494	logfile
✘	6X12	21986	2025-08-22	2020-05-18	3.52	3.69	—	3.7	0.008	1.08	0.0	0.06	16.64	0.01	2.322	3.01	0.00	2.7	97.3	0.0	-5.29	0.65	0.84	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3059	407	2	0	1	0	0	logfile
✘	6WVM	21923	2025-08-25	2020-05-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WVL	21922	2025-08-25	2020-05-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WVR	21924	2025-08-25	2020-05-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	7BY0	30239	2025-08-23	2020-04-21	4.5	5.50	—	4.5	0.008	0.97	0.0	0.05	31.23	0.01	1.950	11.20	0.15	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.92	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12693	868	12	286	0	0	0	logfile
✘	6WMT	21852	2025-08-26	2020-04-21	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31942	3741	17	118	150	0	11	logfile
✘	7BWA	30231	2025-08-23	2020-04-14	4.9	5.10	4.73	4.8	0.004	0.77	0.0	0.05	15.31	0.00	1.970	41.05	0.00	13.4	86.6	0.0	-4.15	0.80	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11670	1444	4	0	0	0	0	logfile
✘	6WHY	21680	2025-08-24	2020-04-08	4.03	4.59	—	4.4	0.006	1.01	0.0	0.06	16.28	0.00	2.150	16.44	1.71	15.5	84.5	0.0	-5.12	0.61	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22198	3098	10	0	8	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2025-08-24	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.24	—	—	—	—	18362	3700	2	0	0	0	0	logfile
✘	7BTi	30179	2025-08-23	2020-04-01	3.6	3.69	—	3.6	0.010	0.86	0.0	0.06	17.05	0.01	2.083	5.57	10.93	5.7	94.1	0.2	-4.46	0.75	0.88	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14650	1860	13	0	10	0	0	logfile
✘	6WB9	21587	2025-08-23	2020-03-26	3.0	3.13	—	3.1	0.006	0.87	0.0	0.05	13.62	0.01	1.983	10.23	0.87	7.7	92.3	0.0	-3.47	0.66	0.78	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14507	1771	12	0	8	0	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2025-08-26	2020-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	0	logfile
✘	6YBS	10772	2025-08-25	2020-03-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28732	2330	21	501	30	0	0	logfile
✘	6W6i	21556	2025-08-25	2020-03-17	3.5	3.77	—	3.6	0.008	0.86	0.0	0.05	15.80	0.00	1.813	12.00	0.85	13.2	86.7	0.2	-4.61	0.83	0.85	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28168	3580	13	0	38	0	0	logfile
✘	6M66	30114	2025-08-23	2020-03-13	4.1	4.40	—	4.2	0.005	1.08	0.0	0.06	16.35	0.01	2.231	9.36	0.00	8.8	91.2	0.0	-5.00	0.64	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14938	1855	7	0	0	0	0	logfile
✘	6YAC	10746	2025-08-26	2020-03-12	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38469	3332	45	0	243	56	0	logfile
✘	6VYK	21462	2025-08-23	2020-02-27	3.2	3.31	—	3.3	0.010	1.74	0.0	0.07	15.96	0.00	2.122	3.05	0.00	4.5	95.5	0.0	-3.22	0.72	0.81	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14623	1869	12	0	7	0	0	logfile
✘	6VXZ	21453	2025-08-23	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.07	0.0	0.06	23.66	0.01	1.959	12.65	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile

• ← previous
• Page 48 of 57
• next →