Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6VY2	21456	2025-08-24	2020-02-25	4.86	6.05	—	5.2	0.009	1.36	0.0	0.08	22.30	0.00	2.056	18.39	4.96	5.7	93.8	0.5	-2.41	0.82	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	2442	66	0	180	0	0	logfile
✘	6VXZ	21453	2025-08-23	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.07	0.0	0.06	23.66	0.01	1.959	12.65	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	6M04	30029	2025-08-26	2020-02-20	4.36	4.48	4.23	4.3	0.006	1.28	0.0	0.07	13.63	0.01	2.245	9.68	1.93	12.5	87.5	0.0	-5.02	0.74	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34666	4282	6	0	0	0	0	logfile
✘	6LYG	30016	2025-08-23	2020-02-14	3.1	3.32	—	3.3	0.004	0.59	0.0	0.04	14.34	0.00	2.299	7.88	0.00	1.7	98.3	0.0	-0.02	0.54	0.76	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14688	1856	16	0	8	0	0	logfile
✘	6VQV	21358	2025-08-25	2020-02-06	2.57	2.88	2.74	2.8	0.010	1.12	3.0	0.06	14.30	0.01	2.253	5.11	1.16	8.6	91.3	0.1	-3.98	0.68	0.80	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24676	2990	12	60	0	0	0	logfile
✘	6VPC	21308	2025-08-24	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	6VoN	21270	2025-08-26	2020-01-30	3.35	2.69	—	3.0	0.005	0.91	0.0	0.05	15.35	0.01	2.133	8.30	0.05	5.8	94.1	0.1	-3.10	0.72	0.74	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39163	5186	32	0	7	0	0	logfile
✘	6VoM	21269	2025-08-25	2020-01-30	3.6	3.53	—	3.5	0.006	0.92	0.0	0.05	15.88	0.01	2.157	11.66	0.10	5.9	93.9	0.2	-3.19	0.83	0.77	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27492	3566	15	0	7	0	0	logfile
✘	6VMS	21243	2025-08-23	2020-01-28	3.8	3.48	—	3.7	0.005	0.71	0.0	0.04	11.04	0.00	2.082	5.77	0.00	2.3	97.7	0.0	-0.27	0.57	0.71	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8953	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2025-08-23	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.471	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2025-08-23	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.647	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	6VL5	21230	2025-08-23	2020-01-22	4.5	4.57	4.20	4.4	0.019	1.75	0.0	0.10	11.99	0.01	2.242	0.64	0.20	1.2	98.8	0.0	0.88	0.79	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15039	1719	42	0	105	0	0	logfile
✘	6XT9	10617	2025-08-24	2020-01-15	3.8	4.11	3.85	3.9	0.005	1.00	0.0	0.06	16.30	0.01	2.285	6.32	0.34	9.4	90.3	0.3	-5.57	0.83	0.79	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16916	2183	5	0	0	0	0	logfile
✘	6VHH	21205	2025-08-23	2020-01-09	2.97	3.96	2.99	3.5	0.015	1.10	1.0	0.18	15.41	0.01	2.053	12.06	0.95	7.8	92.0	0.2	-2.75	0.84	0.78	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14219	1821	8	0	15	0	0	logfile
✘	6VGQ	21199	2025-08-24	2020-01-08	3.5	3.74	—	3.8	0.006	0.88	0.0	0.04	9.86	0.01	1.335	1.32	0.00	1.7	98.3	0.0	0.69	0.63	0.76	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19348	2527	28	0	7	0	0	logfile
✘	6VAM	21143	2025-08-23	2019-12-17	3.63	4.11	—	4.0	0.005	0.84	0.0	0.04	14.63	0.00	2.290	9.78	0.00	7.3	92.7	0.0	-1.89	0.65	0.76	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13360	1712	8	0	0	0	0	logfile
✘	6V8P	21108	2025-08-23	2019-12-11	4.1	4.54	—	4.2	0.005	0.98	0.0	0.81	11.30	0.00	2.210	3.93	0.29	6.7	93.2	0.0	-2.58	0.82	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14548	2117	6	0	1	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2025-08-24	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6TNZ	10540	2025-08-24	2019-12-10	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22008	2705	11	50	3	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2025-08-24	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile

• ← previous
• Page 49 of 57
• next →