Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5XWY	6777	2025-08-23	2017-06-30	3.2	3.25	—	3.2	0.008	1.18	1.0	0.06	14.68	0.00	2.263	3.59	0.87	7.6	92.3	0.1	-5.96	0.69	0.78	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10493	1117	2	51	0	0	0	logfile
✘	5W9o	8790	2025-08-26	2017-06-23	4.5	4.59	4.45	4.5	0.014	1.70	0.0	0.08	10.49	0.01	1.325	7.99	0.08	3.9	95.4	0.7	1.29	0.73	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	5W9J	8785	2025-08-26	2017-06-23	4.8	4.91	5.08	4.7	0.016	1.58	0.0	0.07	11.98	0.02	1.881	5.77	0.90	4.0	94.8	1.2	0.53	0.78	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	5NV3	3699	2025-08-26	2017-05-03	3.39	3.43	—	3.4	0.007	1.22	2.0	0.07	14.59	0.00	2.164	2.84	0.94	5.6	94.2	0.2	-2.82	0.09	0.16	3.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37816	4768	24	0	16	0	0	logfile
✘	5VKQ	8702	2025-08-26	2017-04-22	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41900	5996	8	0	32	0	0	logfile
✘	5NiK	3652	2025-08-26	2017-03-24	3.3	3.47	—	3.4	0.010	1.29	0.0	0.04	10.30	0.01	0.941	21.98	0.24	6.4	91.6	1.9	-1.88	0.64	0.59	1.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35215	4582	11	0	0	0	0	logfile
✘	5VA3	8652	2025-08-24	2017-03-24	4.0	6.91	—	6.8	0.009	1.07	0.0	0.06	12.27	0.01	1.977	9.17	1.30	4.8	94.1	1.1	-3.78	0.64	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17600	2236	4	0	0	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2025-08-22	2017-01-25	4.5	7.89	—	4.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	5UK0	8562	2025-08-26	2017-01-19	4.8	5.42	—	5.2	0.010	1.28	0.0	0.06	12.08	0.01	2.096	3.64	0.16	8.3	91.6	0.1	-3.58	0.84	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	5UCY	8539	2025-08-25	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.029	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.28	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25005	2610	12	3	6	0	4467	logfile
✘	5U4J	8506	2025-08-23	2016-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11360	524	10	339	0	0	0	logfile
✘	5U07	8477	2025-08-25	2016-11-23	3.8	3.94	—	3.8	0.010	1.35	5.0	0.07	14.70	0.01	1.958	28.95	2.31	4.8	94.0	1.1	-2.19	0.78	0.77	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27681	3310	14	93	0	0	0	logfile
✘	5Lii	4053	2025-08-22	2016-07-14	3.8	2.99	—	3.9	0.015	2.41	6.0	0.14	12.69	0.01	1.855	42.83	1.41	16.9	81.9	1.2	-6.10	0.55	0.70	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3098	433	1	0	0	0	0	logfile
✘	5KUF	8289	2025-08-24	2016-07-13	3.8	3.80	—	3.7	0.012	1.02	0.0	0.05	9.23	0.01	2.021	29.24	0.08	15.5	84.4	0.1	-5.82	0.61	0.71	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23728	3000	8	0	4	0	0	logfile
✘	5K11	8193	2025-08-23	2016-05-17	3.8	4.50	—	3.8	0.012	1.23	0.0	0.06	12.12	0.01	2.061	29.45	0.30	6.1	93.4	0.5	-4.89	0.80	0.59	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6338	794	4	0	2	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2025-08-22	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	2	0	1	0	231	logfile
✘	3JAF	6346	2025-08-23	2015-06-08	3.8	2.26	—	3.8	0.006	1.34	0.0	0.06	18.83	0.01	2.134	18.84	0.70	0.6	99.4	0.0	-0.82	0.69	0.71	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13865	1710	15	0	15	0	0	logfile
✘	5A1A	2984	2025-08-26	2015-04-29	2.2	2.04	2.58	2.5	0.009	1.21	0.0	0.04	13.18	0.01	0.020	14.13	1.03	3.9	95.5	0.6	-1.86	0.53	0.76	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33696	4088	12	0	20	776	0	logfile
✘	3J9S	6272	2025-08-23	2015-02-19	2.6	3.83	—	3.5	0.021	1.80	0.0	0.12	18.55	0.01	0.216	25.10	6.86	1.3	98.0	0.8	1.97	0.68	0.76	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9813	1191	6	0	15	315	0	logfile
✘	3J9E	6240	2025-08-22	2015-01-10	3.3	2.66	—	3.3	0.032	3.28	0.0	0.09	21.31	0.02	1.223	20.81	24.26	9.8	87.3	2.9	-3.41	0.77	0.88	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4098	520	1	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 56 of 57
• next →