Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6E9Z	9021	2025-08-25	2018-08-01	3.4	3.50	—	3.4	0.011	0.85	0.0	0.05	10.27	0.01	1.132	13.25	0.00	4.5	95.1	0.4	-6.29	0.55	0.77	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32652	2025	9	0	0	0	16830	logfile
✘	6E88	9004	2025-08-26	2018-07-27	4.8	4.77	—	4.7	0.003	0.75	0.0	0.05	11.59	0.01	2.258	7.24	0.27	4.5	95.5	0.0	-4.16	0.72	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40908	5160	24	6	6	0	0	logfile
✘	6H67	0146	2025-08-26	2018-07-26	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33803	4140	22	43	7	0	0	logfile
✘	6H68	0147	2025-08-26	2018-07-26	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37103	4497	22	67	6	0	0	logfile
✘	6E7B	8997	2025-08-22	2018-07-25	3.5	3.67	3.27	3.6	0.006	0.83	0.0	0.04	11.89	0.00	2.009	5.71	0.14	6.5	93.5	0.0	-4.13	0.56	0.76	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6774	854	4	0	4	0	0	logfile
✘	6DNF	7971	2025-08-23	2018-06-06	3.2	4.05	—	4.0	0.009	1.06	0.0	0.04	9.99	0.01	2.295	2.79	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.20	0.59	0.77	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14119	900	8	0	11	0	6868	logfile
✘	6DJP	7939	2025-08-22	2018-05-25	4.8	5.02	—	4.8	0.012	2.02	0.0	0.08	11.31	0.01	2.368	0.45	0.00	4.6	95.4	0.0	-0.74	0.76	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7307	1393	16	0	23	0	0	logfile
✘	6DG8	7883	2025-08-24	2018-05-17	3.89	4.70	—	3.8	0.005	1.15	0.0	0.06	15.09	0.01	1.916	4.89	0.55	4.4	95.6	0.0	-3.46	0.82	0.75	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16715	1955	24	0	40	0	0	logfile
✘	6GiQ	0004	2025-08-27	2018-05-15	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44120	5439	42	0	57	0	0	logfile
✘	6CVM	7770	2025-08-26	2018-03-28	1.9	2.49	1.96	2.3	0.012	0.92	0.0	0.06	10.25	0.01	2.053	3.65	0.00	2.7	97.3	0.0	-1.16	0.81	0.91	7.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37062	4084	12	0	20	4194	0	logfile
✘	5ZJi	6932	2025-08-27	2018-03-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44708	4087	40	0	271	0	0	logfile
✘	6CRV	7573	2025-08-24	2018-03-19	3.2	3.31	3.17	3.3	0.013	1.12	0.0	0.06	11.02	0.01	2.170	4.36	0.26	4.1	95.9	0.0	-3.09	0.74	0.81	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21036	2643	15	0	39	0	0	logfile
✘	6CNo	7539	2025-08-23	2018-03-08	4.7	4.91	—	4.8	0.006	1.03	0.0	0.05	9.24	0.01	1.936	5.60	0.26	3.5	96.5	0.0	-2.70	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15428	2024	12	0	12	0	0	logfile
✘	5ZGB	6929	2025-08-26	2018-03-08	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35011	3102	31	0	215	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2025-08-24	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.96	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.47	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6C4H	7340	2025-08-24	2018-01-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15326	184	8	648	34	0	0	logfile
✘	6C14	7328	2025-08-23	2018-01-03	4.5	4.15	—	4.0	0.005	1.04	0.0	0.06	9.46	0.01	2.263	5.29	0.27	6.8	93.2	0.0	-4.44	0.55	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6746	860	4	0	0	0	0	logfile
✘	6B5V	7058	2025-08-24	2017-09-29	4.8	4.85	—	4.8	0.008	1.23	0.0	0.06	14.29	0.01	2.333	9.06	3.55	5.9	94.1	0.0	-4.79	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18933	2356	8	0	5	0	0	logfile
✘	6AUi	7006	2025-08-26	2017-09-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36306	4470	18	0	30	36	0	logfile
✘	5Y5Y	6811	2025-08-25	2017-08-10	4.7	4.66	—	4.6	0.027	2.87	128.0	0.17	18.51	0.03	2.246	4.74	9.44	16.3	75.1	8.6	-5.44	0.70	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32159	4164	15	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 55 of 57
• next →