Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6NC3	0434	2025-08-26	2018-12-10	4.5	5.02	4.52	4.5	0.020	1.90	0.0	0.11	16.39	0.01	2.381	0.92	0.15	3.1	96.5	0.4	0.08	0.77	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38904	4686	72	0	162	0	0	logfile
✘	6N9W	0381	2025-08-24	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19576	2410	15	30	12	0	0	logfile
✘	6N9Y	0383	2025-08-22	2018-12-04	4.0	3.80	—	3.7	0.008	1.10	0.0	0.05	10.30	0.01	2.229	4.80	0.42	9.1	90.9	0.0	-4.98	0.38	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4527	552	1	0	0	0	0	logfile
✘	6N9V	0380	2025-08-24	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21526	2651	15	33	14	0	0	logfile
✘	6N9X	0382	2025-08-24	2018-12-04	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	0	logfile
✘	6N9U	0379	2025-08-23	2018-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1063	7	18	4	0	0	logfile
✘	6N7R	0361	2025-08-26	2018-11-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35750	2908	21	568	91	0	0	logfile
✘	6N7W	0365	2025-08-22	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✘	6iAW	4440	2025-08-24	2018-11-27	3.8	3.45	—	4.0	0.008	1.27	0.0	0.07	12.85	0.01	1.440	9.19	1.42	11.7	88.1	0.2	-4.49	0.81	0.81	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21929	2579	18	0	210	0	0	logfile
✘	6iTC	9731	2025-08-23	2018-11-21	3.45	3.58	—	3.5	0.016	1.49	5.0	0.08	13.87	0.01	1.574	8.16	1.02	9.0	90.9	0.1	-4.38	0.69	0.77	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13844	1738	10	0	6	0	0	logfile
✘	6i7T	4428	2025-08-26	2018-11-17	4.61	4.75	5.26	4.6	0.006	1.17	6.0	0.07	13.63	0.01	2.245	7.08	2.54	12.0	87.5	0.4	-4.32	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	4682	16	0	0	0	0	logfile
✘	6iRT	9722	2025-08-22	2018-11-14	3.5	3.76	—	3.7	0.012	1.30	0.0	0.09	14.32	0.01	2.241	10.46	3.01	9.2	90.0	0.8	-5.53	0.63	0.80	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7348	926	7	0	11	0	0	logfile
✘	6MZV	9308	2025-08-26	2018-11-05	3.4	3.57	—	3.5	0.006	0.73	0.0	0.05	8.48	0.01	2.343	7.17	0.34	3.4	96.6	0.0	-4.51	0.79	0.86	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	6HZ4	0310	2025-08-26	2018-10-22	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36344	2212	14	3	6	0	17969	logfile
✘	6HWH	0289	2025-08-26	2018-10-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40632	4916	40	0	420	0	0	logfile
✘	6MN7	9166	2025-08-24	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.019	2.53	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6HRE	0259	2025-08-22	2018-09-26	3.2	2.74	2.88	3.3	0.019	1.47	0.0	0.11	13.34	0.01	2.474	6.01	0.00	12.0	88.0	0.0	-4.17	0.32	0.80	4.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3522	462	6	0	0	0	0	logfile
✘	6MiX	9132	2025-08-26	2018-09-20	3.6	4.57	—	79.0	0.007	1.19	0.0	0.07	16.40	0.01	2.212	9.78	2.30	14.6	85.0	0.4	-5.69	-0.03	0.00	0.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43120	5348	4	0	0	0	0	logfile
✘	6MCB	9066	2025-08-23	2018-08-31	3.4	3.80	—	3.7	0.010	1.14	0.0	0.06	17.61	0.01	2.253	5.63	0.65	7.2	92.7	0.1	-4.48	0.76	0.81	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14187	1487	3	115	1	0	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2025-08-24	2018-08-30	3.2	3.35	—	3.3	0.007	1.08	0.0	0.06	10.85	0.01	2.319	4.14	0.29	1.6	98.4	0.0	-4.97	0.82	0.84	3.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile

• ← previous
• Page 54 of 57
• next →