Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6R90	4764	2025-08-26	2019-04-02	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40086	1944	12	290	0	0	18818	logfile
✘	6oFE	20043	2025-08-23	2019-03-29	3.61	3.70	—	3.6	0.006	0.63	0.0	0.04	10.07	0.01	2.325	1.57	0.00	5.3	94.7	0.0	-6.24	0.64	0.85	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12220	1560	20	0	0	0	0	logfile
✘	6oEG	20020	2025-08-24	2019-03-27	3.8	3.93	—	3.9	0.008	1.12	0.0	0.06	13.46	0.01	2.370	5.57	5.56	8.1	91.9	0.0	-4.92	0.42	0.79	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18564	2268	14	0	0	0	0	logfile
✘	6o9Z	0664	2025-08-25	2019-03-15	3.03	3.58	—	3.5	0.008	0.93	0.0	0.05	12.41	0.01	2.192	12.43	0.48	4.2	95.8	0.0	-3.03	0.65	0.81	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25788	3605	12	0	0	0	0	logfile
✘	6R0C	4692	2025-08-23	2019-03-12	4.2	4.33	4.08	4.2	0.008	0.86	0.0	0.05	27.86	0.01	1.900	5.10	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.35	0.88	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11737	747	11	284	1	0	0	logfile
✘	6o6C	0633	2025-08-25	2019-03-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30166	3660	19	52	9	0	0	logfile
✘	6QUE	4637	2025-08-23	2019-02-27	3.7	3.94	—	3.8	0.009	1.10	0.0	0.06	12.10	0.01	2.230	4.55	0.14	7.6	92.4	0.1	-3.49	0.86	0.84	1.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13791	1865	4	0	3	0	0	logfile
✘	6NZK	0557	2025-08-25	2019-02-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29268	3525	39	0	105	396	0	logfile
✘	6QNU	4609	2025-08-22	2019-02-12	3.8	3.99	—	3.9	0.004	0.91	0.0	0.06	13.91	0.01	2.324	3.68	0.61	10.0	90.0	0.0	-4.05	0.77	0.81	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7250	920	5	0	0	0	0	logfile
✘	6NT5	0502	2025-08-22	2019-01-28	4.1	4.28	—	4.1	0.006	0.93	0.0	0.05	10.32	0.01	2.300	3.59	0.41	4.7	95.3	0.0	-2.40	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4586	584	2	0	0	0	0	logfile
✘	6J8H	9781	2025-08-23	2019-01-19	3.2	3.35	—	3.3	0.014	1.90	1.0	0.10	21.72	0.01	1.886	58.60	27.17	2.0	96.6	1.3	2.87	0.60	0.78	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11763	1433	8	0	12	0	0	logfile
✘	6NPJ	0471	2025-08-22	2019-01-17	3.8	3.73	—	3.7	0.008	1.24	0.0	0.07	17.12	0.01	2.246	6.91	6.25	8.8	91.2	0.0	-5.64	0.62	0.77	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6186	768	2	0	0	0	0	logfile
✘	6J6i	0688	2025-08-26	2019-01-15	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35992	4470	13	0	7	0	0	logfile
✘	6QG2	4545	2025-08-26	2019-01-10	4.55	4.79	4.47	4.5	0.009	1.44	35.0	0.09	18.65	0.00	1.236	4.67	7.64	13.2	83.4	3.4	-1.88	0.58	0.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38664	4961	16	0	0	0	0	logfile
✘	6NiL	9380	2025-08-23	2018-12-29	3.9	4.02	—	3.9	0.010	0.96	16.0	0.08	13.20	0.02	2.396	3.53	0.99	9.6	90.4	0.0	-4.92	0.83	0.84	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15220	1800	16	0	4	0	0	logfile
✘	6J0C	9761	2025-08-26	2018-12-23	3.7	3.78	—	3.8	0.006	0.89	0.0	0.05	15.99	0.01	2.313	5.24	3.09	6.5	93.5	0.0	-4.56	0.50	0.83	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33108	4248	12	0	0	0	0	logfile
✘	6Q9B	4479	2025-08-26	2018-12-17	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38012	4627	37	0	13	0	0	logfile
✘	6NEF	9357	2025-08-25	2018-12-17	3.4	3.55	—	3.5	0.027	1.83	0.0	0.07	16.56	0.01	1.696	39.60	0.04	24.1	72.2	3.7	-6.35	0.42	0.36	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29457	3663	18	0	63	0	0	logfile
✘	6NDY	0443	2025-08-23	2018-12-14	3.6	3.70	—	3.6	0.012	0.89	0.0	0.05	14.71	0.01	2.037	4.63	0.00	5.9	94.1	0.0	-3.78	0.66	0.54	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12531	1596	12	0	20	0	0	logfile
✘	6ND1	0440	2025-08-23	2018-12-13	4.1	4.15	—	4.1	0.009	1.23	14.0	0.08	16.24	0.01	2.249	7.57	0.10	3.7	96.2	0.2	-3.89	0.60	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9186	1179	6	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 53 of 57
• next →