Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6S1N	10081	2025-08-24	2019-06-19	4.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6P7N	20267	2025-08-26	2019-06-06	4.9	9.02	6.20	4.9	0.002	0.53	0.0	0.04	15.22	0.00	2.152	6.60	1.33	5.6	94.4	0.0	-3.30	0.81	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20356	2352	10	52	4	0	0	logfile
✘	6K41	9911	2025-08-22	2019-05-23	2.9	2.88	—	2.9	0.009	1.07	0.0	0.06	10.21	0.01	2.166	3.99	0.44	5.1	94.9	0.0	-2.62	0.73	0.85	4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8430	1077	6	0	1	0	0	logfile
✘	6RR7	4986	2025-08-26	2019-05-17	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36290	2197	6	30	1	0	18001	logfile
✘	6RQJ	4983	2025-08-23	2019-05-15	3.5	4.14	3.49	3.7	0.006	0.81	0.0	0.11	14.35	0.00	2.041	10.98	0.06	6.9	92.9	0.2	-4.28	0.84	0.75	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14971	1899	6	0	2	0	0	logfile
✘	6oY9	20222	2025-08-22	2019-05-14	3.9	4.43	—	4.4	0.009	1.10	0.0	0.06	15.30	0.01	2.269	6.97	0.24	10.7	89.3	0.0	-4.69	0.65	0.84	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7519	948	5	0	1	0	0	logfile
✘	6oXL	20220	2025-08-23	2019-05-13	3.5	3.82	3.61	3.7	0.010	1.09	0.0	0.06	9.34	0.01	2.236	6.66	0.06	5.6	94.4	0.0	-5.46	0.81	0.84	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14413	1808	6	0	7	0	0	logfile
✘	6oVH	20212	2025-08-23	2019-05-07	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10895	1272	36	0	68	171	0	logfile
✘	6K0A	30036	2025-08-24	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.006	0.79	0.0	0.04	22.49	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2025-08-24	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	13.18	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	6JYL	9718	2025-08-24	2019-04-26	3.37	4.00	—	3.4	0.008	0.85	0.0	0.05	24.56	0.01	2.086	2.75	0.28	4.8	95.0	0.2	-3.67	0.90	0.87	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16136	1265	12	292	3	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2025-08-25	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2025-08-24	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6RH3	4882	2025-08-25	2019-04-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26300	3207	9	58	4	0	0	logfile
✘	6R92	4766	2025-08-26	2019-04-02	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40535	1974	12	290	0	0	19035	logfile
✘	6R94	4768	2025-08-24	2019-04-02	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22443	803	10	290	0	0	10071	logfile
✘	6R93	4767	2025-08-24	2019-04-02	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23009	775	10	290	0	0	10171	logfile
✘	6R90	4764	2025-08-26	2019-04-02	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40086	1944	12	290	0	0	18818	logfile
✘	6R8Z	4763	2025-08-26	2019-04-02	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40831	1984	12	290	0	0	19214	logfile
✘	6R91	4765	2025-08-26	2019-04-02	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40556	1969	12	290	0	0	19079	logfile

• ← previous
• Page 52 of 57
• next →