Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6SKY	10231	2025-08-24	2019-08-16	2.8	2.95	—	3.0	0.009	0.69	0.0	0.05	13.86	0.00	2.077	5.03	3.63	4.2	95.8	0.0	-2.12	0.75	0.85	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22348	2824	4	0	4	0	0	logfile
✘	6KLW	0720	2025-08-25	2019-07-30	2.9	3.04	—	3.0	0.005	0.66	0.0	0.05	13.67	0.00	2.135	6.78	0.00	6.5	93.5	0.0	-3.60	0.75	0.86	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25179	3238	15	0	14	0	0	logfile
✘	6KLC	0706	2025-08-23	2019-07-30	3.9	3.97	—	3.9	0.003	0.70	0.0	0.04	13.24	0.00	2.198	10.92	0.64	9.3	90.5	0.2	-3.27	0.73	0.77	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11210	1436	2	0	1	0	0	logfile
✘	6PYH	20524	2025-08-23	2019-07-29	4.3	4.52	—	4.3	0.016	1.05	0.0	0.05	14.64	0.01	2.079	28.59	0.55	18.2	81.6	0.2	-5.21	0.84	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13187	1648	3	0	0	0	0	logfile
✘	6SCT	0126	2025-08-26	2019-07-25	4.69	4.38	3.96	4.0	0.004	0.75	3.0	0.04	15.13	0.00	2.104	6.08	0.27	7.5	92.4	0.1	-3.74	0.81	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40680	4947	15	0	0	0	0	logfile
✘	6PW6	20500	2025-08-24	2019-07-22	4.5	4.56	4.38	4.5	0.022	1.86	0.0	0.11	13.61	0.01	2.200	1.61	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	6PVQ	20497	2025-08-24	2019-07-21	4.75	4.68	—	4.6	0.008	1.32	0.0	0.06	13.01	0.01	2.244	9.63	1.15	14.4	85.2	0.4	-5.23	0.66	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17640	2160	4	0	0	0	0	logfile
✘	6PUT	20481	2025-08-23	2019-07-18	2.9	3.22	2.96	3.2	0.012	0.83	0.0	0.05	19.07	0.01	0.000	5.13	0.20	2.5	97.5	0.0	-3.43	0.73	0.90	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10976	1170	28	68	8	308	0	logfile
✘	6PSW	20466	2025-08-26	2019-07-13	3.7	3.46	—	3.5	0.008	0.95	0.0	0.05	18.87	0.00	1.987	42.35	0.40	11.4	88.4	0.2	-4.03	0.69	0.78	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32695	3831	13	124	6	0	0	logfile
✘	6S8G	10121	2025-08-23	2019-07-10	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7530	957	7	0	3	0	0	logfile
✘	6PPU	20447	2025-08-23	2019-07-08	3.5	3.56	—	3.5	0.016	1.43	2.0	0.07	15.18	0.01	1.855	10.41	3.10	7.9	92.1	0.0	-5.80	0.76	0.84	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10104	1302	5	29	53	0	0	logfile
✘	6PPJ	20440	2025-08-23	2019-07-07	3.5	3.54	—	3.5	0.017	1.32	2.0	0.06	11.63	0.01	2.202	9.16	1.82	7.3	92.7	0.0	-5.81	0.81	0.86	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12004	1672	7	0	79	0	0	logfile
✘	6PP7	20421	2025-08-26	2019-07-05	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32499	2081	13	0	25	0	16296	logfile
✘	6PP5	20419	2025-08-26	2019-07-05	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32118	2063	13	0	18	0	16112	logfile
✘	6PLW	20378	2025-08-23	2019-07-01	3.0	3.83	—	3.5	0.010	1.03	0.0	0.06	13.32	0.01	2.276	4.92	0.00	3.5	96.5	0.0	-4.80	0.76	0.88	4.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14095	1730	15	0	20	0	0	logfile
✘	6PKW	20368	2025-08-25	2019-06-30	4.5	4.77	—	4.4	0.007	0.94	0.0	0.05	9.19	0.01	2.239	4.10	0.00	5.8	94.2	0.0	-3.48	0.66	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26262	4056	8	0	88	0	0	logfile
✘	6PiG	20350	2025-08-25	2019-06-26	3.5	3.54	3.58	3.5	0.014	1.76	1.0	0.09	16.96	0.00	2.173	1.98	1.58	15.2	81.4	3.5	-4.85	0.60	0.76	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28867	3439	11	60	0	0	0	logfile
✘	6S3R	10095	2025-08-23	2019-06-25	3.5	3.63	3.53	3.6	0.006	0.89	0.0	0.05	15.34	0.01	2.035	18.34	2.22	8.4	90.8	0.8	-3.03	0.65	0.79	1.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12855	1669	11	0	0	0	0	logfile
✘	6S1M	10080	2025-08-24	2019-06-19	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6S1N	10081	2025-08-24	2019-06-19	4.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 51 of 57
• next →