Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9CDC	45467	2025-08-23	2024-06-24	3.08	3.33	3.12	3.4	0.102	1.66	0.0	0.21	26.76	0.01	0.000	22.67	1.95	5.0	95.0	0.0	0.78	0.48	0.62	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11410	1200	10	0	40	100	0	logfile
✘	9CDE	45469	2025-08-22	2024-06-24	3.44	3.63	3.44	3.7	0.012	1.15	0.0	0.08	25.59	0.01	2.031	23.34	1.46	7.1	92.9	0.0	1.12	0.56	0.72	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6822	720	6	0	24	36	0	logfile
✘	9FTL	50748	2025-08-26	2024-06-24	2.91	2.86	3.00	3.0	0.004	0.73	0.0	0.03	16.57	0.01	1.812	7.81	0.45	2.1	97.9	0.0	4.75	0.63	0.65	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38464	5360	32	0	0	0	0	logfile
✘	9CC1	45431	2025-08-25	2024-06-20	2.92	3.26	2.88	3.2	0.003	0.65	1.0	0.04	12.73	0.00	2.013	5.36	0.08	1.4	98.5	0.0	0.65	0.80	0.84	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24523	3123	13	0	24	0	0	logfile
✘	9iiK	60596	2025-08-23	2024-06-20	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14001	1774	5	0	1	0	0	logfile
✘	9CB3	45413	2025-08-22	2024-06-18	3.47	3.78	3.64	3.8	0.015	1.61	1.0	0.05	18.76	0.01	1.293	12.53	1.46	5.0	95.0	0.0	0.03	0.57	0.68	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4995	672	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ZYR	60577	2025-08-23	2024-06-18	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15489	1952	5	0	1	0	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2025-08-22	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-08-22	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	9C9U	45371	2025-08-22	2024-06-15	4.5	4.04	3.57	3.8	0.011	1.48	0.0	0.07	15.52	0.01	2.048	19.72	0.00	10.7	89.3	0.0	-3.13	0.72	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3018	444	18	0	0	0	0	logfile
✘	8ZWB	60522	2025-08-26	2024-06-12	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34719	1786	20	0	148	355	13650	logfile
✘	8ZVi	60511	2025-08-25	2024-06-11	3.4	3.15	3.20	3.2	0.025	2.40	175.0	0.17	18.10	0.01	2.203	24.03	21.79	7.9	90.0	2.1	-1.56	0.44	0.74	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28628	3684	14	0	0	0	0	logfile
✘	9C5X	45234	2025-08-27	2024-06-06	3.01	3.26	3.09	3.3	0.002	0.45	0.0	0.04	14.13	0.00	2.212	5.75	0.06	4.4	95.4	0.2	-0.84	0.68	0.78	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45990	5610	18	0	0	0	0	logfile
✘	9C53	45196	2025-08-23	2024-06-05	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9060	1011	6	50	2	0	0	logfile
✘	9C51	45194	2025-08-23	2024-06-05	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9235	1010	5	58	2	0	0	logfile
✘	9C52	45195	2025-08-23	2024-06-05	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9167	1011	6	55	2	0	0	logfile
✘	9C4E	45183	2025-08-23	2024-06-04	2.73	3.23	2.73	3.1	0.003	0.53	0.0	0.04	16.12	0.00	2.218	6.81	0.82	2.0	98.0	0.0	0.56	0.61	0.76	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14760	1932	4	0	0	0	0	logfile
✘	9FKN	50523	2025-08-22	2024-06-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7921	508	3	0	1	0	3969	logfile
✘	9FK5	50519	2025-08-22	2024-06-02	4.1	4.17	3.38	3.5	0.003	0.52	0.0	0.04	9.26	0.00	2.030	7.29	2.25	5.2	94.8	0.0	-0.88	0.78	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5765	735	5	0	0	0	0	logfile
✘	9C2B	45153	2025-08-22	2024-05-30	2.42	2.65	2.43	2.7	0.007	0.99	0.0	0.06	18.26	0.01	2.161	3.71	0.00	2.1	97.9	0.0	0.27	0.67	0.85	4.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8208	990	15	0	24	141	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 57
• next →