Table showing results for September 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DH6	27430	2022-09-02	2022-06-25	2.94	3.31	3.02	3.3	0.006	1.04	0.0	0.05	14.94	0.01	1.241	12.48	0.15	4.9	95.1	0.1	0.12	0.66	0.83	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12901	1560	16	0	17	0	0	logfile
✘	8D4T	27196	2022-09-05	2022-06-02	3.1	3.33	3.11	3.4	0.013	1.92	33.0	0.13	18.29	0.02	1.331	6.59	9.65	3.6	96.0	0.4	-0.95	0.66	0.83	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27974	1738	17	0	12	0	13710	logfile
✘	7XTC	33446	2022-09-03	2022-05-16	3.2	3.40	3.31	3.4	0.006	0.59	0.0	0.04	12.99	0.00	1.913	4.53	0.00	1.4	98.6	0.0	1.71	0.54	0.70	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16301	1038	5	0	2	0	8097	logfile
✘	7UZE	26886	2022-09-02	2022-05-09	2.4	2.27	2.42	2.3	0.003	0.58	0.0	0.04	15.32	0.00	2.040	3.82	0.68	3.0	96.6	0.4	1.69	0.66	0.88	6.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14969	988	12	0	4	113	7392	logfile
✘	7UZY	26922	2022-09-03	2022-05-09	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15332	1781	11	44	0	0	0	logfile
✘	7UZX	26921	2022-09-02	2022-05-09	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14858	1760	9	36	0	0	0	logfile
✘	7UY8	26867	2022-09-01	2022-05-06	4.5	8.56	4.38	4.2	0.003	0.63	1.0	0.05	14.55	0.00	2.207	8.85	0.00	6.1	93.9	0.0	-0.66	0.79	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9552	1161	5	0	1	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2022-09-01	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	7XJi	33228	2022-09-01	2022-04-18	3.9	3.60	3.70	3.9	0.003	0.60	0.0	0.04	13.86	0.00	2.165	9.09	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.25	0.61	0.78	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7ZGP	14710	2022-09-02	2022-04-04	2.7	2.79	2.57	2.8	0.003	0.58	0.0	0.05	14.54	0.00	2.175	10.64	0.96	6.3	93.5	0.2	-0.84	0.79	0.91	5.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14055	1767	6	4	2	0	0	logfile
✘	7X8R	33057	2022-09-01	2022-03-14	2.61	2.75	—	2.8	0.018	0.72	0.0	0.23	14.24	0.00	2.201	7.67	0.00	3.1	96.9	0.0	0.83	0.67	0.80	3.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8493	1051	5	0	1	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2022-09-02	2022-03-09	3.67	3.90	3.77	3.7	0.005	0.76	0.0	0.04	20.04	0.01	1.977	6.87	0.29	3.6	96.4	0.0	0.06	0.80	0.72	1.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7Z10	14436	2022-09-02	2022-02-24	3.87	4.12	—	4.0	0.008	1.14	0.0	0.05	16.28	0.02	1.333	7.11	9.08	7.5	92.5	0.0	-3.98	0.58	0.77	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12574	1556	13	0	9	0	0	logfile
✘	7WU4	32819	2022-09-01	2022-02-05	3.4	3.44	—	3.8	0.002	0.48	0.0	0.04	14.07	0.00	1.185	8.62	0.00	2.5	97.5	0.0	0.46	0.58	0.71	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6887	888	4	0	2	0	0	logfile
✘	7WU5	32820	2022-09-01	2022-02-05	3.0	2.73	—	3.1	0.003	0.50	0.0	0.04	13.51	0.00	1.184	9.21	0.00	2.4	97.6	0.0	0.35	0.61	0.77	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6948	888	4	0	2	0	0	logfile
✘	7WU3	32818	2022-09-01	2022-02-05	3.1	3.13	—	3.1	0.003	0.52	0.0	0.04	13.74	0.00	1.185	7.73	0.00	2.4	97.6	0.0	1.63	0.70	0.80	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7877	1013	5	0	1	0	0	logfile
✘	7Too	26033	2022-09-03	2022-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7ToP	26034	2022-09-03	2022-01-24	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7WPB	32681	2022-09-01	2022-01-23	2.79	2.94	—	2.9	0.005	0.73	0.0	0.05	15.18	0.01	2.101	3.78	0.29	3.0	97.0	0.0	-4.67	0.68	0.86	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6491	793	2	0	5	0	0	logfile
✘	7WP1	32666	2022-09-01	2022-01-22	3.77	3.91	—	3.9	0.006	1.16	0.0	0.07	14.50	0.02	2.338	3.87	0.00	12.2	87.5	0.2	-5.40	0.64	0.78	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3305	423	4	0	2	0	0	logfile

• Page 1 of 18
• next →