Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DYY	27786	2024-09-27	2022-08-05	3.62	3.95	3.54	3.9	0.011	0.96	1.0	0.04	14.40	0.00	2.085	10.02	0.33	5.9	94.1	0.0	-0.11	0.77	0.86	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16499	2133	19	0	0	0	0	logfile
✘	7YQ3	34018	2024-09-27	2022-08-05	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14412	1707	5	28	0	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2024-09-27	2022-08-05	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile
✘	7YQ4	34019	2024-09-25	2022-08-05	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10618	1243	5	24	0	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2024-09-25	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.16	—	—	—	1.63	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2024-09-25	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.62	—	—	—	3.09	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	8DXN	27770	2024-09-27	2022-08-02	3.4	3.71	3.47	3.7	0.003	0.55	0.0	0.04	15.09	0.00	2.166	5.09	0.00	7.1	92.9	0.0	0.69	0.70	0.78	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17499	2101	7	0	0	0	0	logfile
✘	8DW3	27750	2024-09-25	2022-07-30	4.26	4.66	4.43	4.4	0.013	0.95	0.0	0.05	17.59	0.01	1.895	15.23	0.10	5.7	94.2	0.1	-0.89	0.75	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9351	1223	7	0	3	0	0	logfile
✘	7YLV	33918	2024-09-27	2022-07-27	3.91	4.23	4.38	4.3	0.009	0.68	0.0	0.06	10.36	0.00	2.239	1.53	0.03	2.3	97.6	0.2	-0.18	0.55	0.40	0.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65495	8564	17	0	0	0	0	logfile
✘	8DUL	27722	2024-09-26	2022-07-27	4.17	4.34	4.24	4.7	0.005	1.04	0.0	0.07	13.09	0.02	2.317	6.11	0.06	5.3	94.7	0.0	-2.03	0.56	0.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14203	1802	15	0	10	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2024-09-25	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile
✘	7YKJ	33892	2024-09-23	2022-07-22	3.5	3.71	3.62	3.7	0.013	1.78	1.0	0.09	15.54	0.04	1.761	8.58	2.98	6.6	92.2	1.1	-2.51	0.51	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4811	626	4	0	0	0	0	logfile
✘	8DRQ	27681	2024-09-23	2022-07-21	4.16	4.28	4.60	4.1	0.004	0.89	0.0	0.05	15.60	0.01	2.283	15.85	0.00	5.9	94.1	0.0	-3.30	0.39	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	407	1	0	0	0	0	logfile
✘	7YJN	33875	2024-09-24	2022-07-20	3.4	3.63	3.43	3.6	0.019	1.74	21.0	0.13	15.89	0.01	1.776	26.04	8.37	11.1	87.0	1.9	-2.39	0.70	0.83	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8528	1095	6	0	1	0	0	logfile
✘	7YiY	33866	2024-09-25	2022-07-18	2.7	2.84	2.66	2.8	0.008	0.98	0.0	0.06	16.23	0.01	2.205	6.16	4.77	5.2	94.2	0.6	-1.48	0.71	0.87	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9257	1164	7	0	2	0	0	logfile
✘	7YHP	33835	2024-09-23	2022-07-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3815	374	4	38	1	0	0	logfile
✘	7Yi4	33851	2024-09-30	2022-07-14	3.96	8.09	3.85	2.7	0.004	0.61	0.0	0.04	23.49	0.00	2.041	12.68	0.10	3.9	96.1	0.0	1.12	0.85	0.82	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25351	2359	18	302	5	0	0	logfile
✘	8DNX	27583	2024-09-23	2022-07-12	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4342	549	8	0	1	0	71	logfile
✘	8DNY	27584	2024-09-23	2022-07-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4428	558	8	0	1	0	97	logfile
✘	7YG6	33809	2024-09-24	2022-07-11	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6025	727	3	9	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 14 of 33
• next →