Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DBC	27279	2024-09-26	2022-06-14	3.2	3.28	3.24	3.2	0.007	0.77	0.0	0.06	15.09	0.00	2.119	5.93	2.74	3.3	96.7	0.0	0.45	0.65	0.76	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14232	1854	12	0	12	0	0	logfile
✘	8DBN	27291	2024-09-26	2022-06-14	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14244	1824	12	0	24	0	0	logfile
✘	8DAN	27271	2024-09-28	2022-06-13	4.74	5.06	4.76	5.0	0.003	0.53	0.0	0.04	13.83	0.00	1.929	10.23	0.00	4.5	95.5	0.0	-0.75	0.65	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68968	4472	24	0	12	0	33968	logfile
✘	7Y1F	33562	2024-09-24	2022-06-08	3.3	3.13	3.30	3.3	0.007	1.12	0.0	0.06	13.79	0.01	2.215	9.10	0.00	6.7	93.3	0.0	-2.25	0.55	0.71	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8691	1131	6	0	0	0	0	logfile
✘	7Y1T	33572	2024-09-24	2022-06-08	3.24	3.67	3.31	3.5	0.003	0.59	0.0	0.09	16.88	0.00	1.998	8.09	0.00	4.1	95.9	0.0	-0.76	0.73	0.75	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8112	1030	10	0	24	0	0	logfile
✘	8A3B	15110	2024-09-26	2022-06-07	3.1	2.31	2.85	2.9	0.003	0.55	0.0	0.03	14.17	0.00	2.091	4.59	0.00	0.9	99.1	0.0	2.21	0.73	0.72	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14448	1792	7	0	0	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2024-09-24	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	19.55	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	8D1G	27129	2024-09-27	2022-05-27	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16201	1735	15	0	61	620	0	logfile
✘	8CYi	27078	2024-09-27	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	7ZWC	14996	2024-09-26	2022-05-19	3.2	3.57	3.12	3.3	0.003	0.53	0.0	0.04	18.42	0.00	2.067	7.82	0.00	3.7	96.3	0.0	1.08	0.74	0.80	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13944	1500	11	83	2	0	0	logfile
✘	7XT6	33440	2024-09-24	2022-05-16	3.63	3.90	3.63	3.9	0.005	0.81	0.0	0.05	17.76	0.01	2.182	8.34	0.81	9.7	90.3	0.0	-2.04	0.69	0.79	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8040	1003	10	0	21	0	0	logfile
✘	7XSU	33435	2024-09-25	2022-05-15	3.4	3.68	3.45	3.7	0.011	1.61	9.0	0.11	19.27	0.01	1.440	12.45	5.06	5.5	94.1	0.4	1.66	0.55	0.75	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8969	1152	3	0	13	0	0	logfile
✘	8CSS	26969	2024-09-28	2022-05-13	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67466	6062	44	847	46	104	0	logfile
✘	8CST	26970	2024-09-27	2022-05-13	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66351	5810	39	889	41	0	0	logfile
✘	7UZE	26886	2024-09-27	2022-05-09	2.4	2.27	2.42	2.3	0.003	0.58	0.0	0.04	14.97	0.00	2.040	3.56	0.68	3.0	96.6	0.4	1.69	0.66	0.87	6.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15105	988	12	0	4	113	7528	logfile
✘	7ZRZ	14923	2024-09-24	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	1.82	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	7ZRJ	14916	2024-09-25	2022-05-04	3.7	3.78	3.64	3.7	0.004	0.80	0.0	0.05	16.08	0.01	2.179	8.23	0.00	4.3	95.7	0.0	-1.26	0.70	0.82	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11009	1449	6	0	9	0	0	logfile
✘	7XNo	33321	2024-09-27	2022-04-29	2.54	2.96	2.54	2.8	0.002	0.53	0.0	0.04	12.89	0.00	2.215	5.72	0.12	4.5	95.4	0.1	1.92	0.69	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15888	2085	15	0	3	0	0	logfile
✘	7XMV	33306	2024-09-27	2022-04-27	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15228	1842	18	0	30	810	0	logfile
✘	7XMU	33305	2024-09-27	2022-04-26	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15294	1842	18	0	36	822	0	logfile

• ← previous
• Page 16 of 33
• next →