Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7WV4	32845	2024-09-30	2022-02-09	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24490	2636	6	80	80	0	0	logfile
✘	7WV5	32846	2024-09-26	2022-02-09	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12958	1318	16	46	80	0	0	logfile
✘	7WTU	32801	2024-09-30	2022-02-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81215	5957	35	1575	1	0	0	logfile
✘	7WSQ	32764	2024-09-27	2022-02-01	3.8	3.52	—	3.9	0.038	1.52	0.0	0.45	14.72	0.01	1.827	11.77	0.00	4.9	95.1	0.0	-0.66	0.68	0.75	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16522	2104	10	0	10	0	0	logfile
✘	7TKT	25981	2024-09-26	2022-01-17	3.6	3.75	3.75	3.7	0.007	1.26	0.0	0.04	21.05	0.01	2.224	6.30	0.00	4.7	95.3	0.0	0.63	0.72	0.81	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13252	1560	8	0	56	0	0	logfile
✘	7QTQ	14145	2024-09-25	2022-01-15	3.3	3.53	—	3.4	0.008	0.83	4.0	0.06	15.29	0.01	2.045	9.61	0.20	10.6	89.4	0.0	-2.27	0.72	0.82	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54960	3577	10	0	24	0	26827	logfile
✘	7TGG	25881	2024-09-28	2022-01-07	4.1	4.67	—	4.4	0.004	0.71	0.0	0.05	11.74	0.01	2.070	15.91	0.00	7.4	92.6	0.0	-2.21	0.66	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18255	2445	30	0	0	0	0	logfile
✘	7WiW	32538	2024-09-24	2022-01-05	3.12	3.47	—	3.4	0.006	0.99	1.0	0.05	14.75	0.01	1.891	8.72	1.03	7.1	92.3	0.6	-4.54	0.72	0.89	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8603	1137	4	0	5	0	0	logfile
✘	7WHM	32504	2024-09-25	2021-12-31	2.7	2.86	—	2.8	0.006	0.64	0.0	0.05	13.85	0.00	2.155	6.30	0.00	3.1	96.9	0.0	0.15	0.43	0.87	4.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9650	1214	1	0	0	0	0	logfile
✘	7Qo1	14080	2024-09-26	2021-12-23	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14179	1694	9	62	1	0	0	logfile
✘	7TC0	25803	2024-09-26	2021-12-22	3.1	3.02	2.78	3.2	0.003	0.59	3.0	0.04	15.73	0.01	1.817	8.24	2.49	4.1	95.9	0.0	-1.78	0.74	0.81	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13809	1781	4	0	11	0	0	logfile
✘	7TAP	25780	2024-09-29	2021-12-21	2.8	3.00	—	3.0	0.013	1.47	4.0	0.07	15.28	0.01	2.225	8.19	1.37	1.3	98.6	0.1	0.26	0.64	0.81	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22520	2915	22	0	8	0	0	logfile
✘	7QL3	14062	2024-09-23	2021-12-19	3.32	3.47	3.01	3.5	0.011	2.01	8.0	0.11	12.27	0.01	2.489	0.00	0.00	7.7	92.3	0.0	-3.47	0.46	0.82	4.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3246	426	6	0	0	0	0	logfile
✘	7QKR	14049	2024-09-25	2021-12-18	3.2	3.37	3.13	3.3	0.007	0.86	0.0	0.06	15.13	0.01	2.084	6.53	0.40	1.8	98.2	0.0	0.20	0.73	0.88	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9403	1199	2	0	4	0	0	logfile
✘	7QKS	14050	2024-09-25	2021-12-18	3.1	3.39	3.08	3.3	0.005	0.74	0.0	0.05	14.59	0.01	2.210	4.65	0.10	1.8	98.2	0.0	0.65	0.75	0.87	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9339	1199	2	0	1	0	0	logfile
✘	7T92	25750	2024-09-28	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile
✘	7T6X	25730	2024-09-25	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7QDS	13925	2024-09-26	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile
✘	7T02	25577	2024-09-27	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	7QDH	13919	2024-09-30	2021-11-27	4.2	4.45	4.27	4.4	0.011	1.50	16.0	0.10	14.72	0.01	1.441	62.81	7.70	4.0	95.6	0.4	0.10	0.70	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25712	3219	16	0	44	0	0	logfile

• ← previous
• Page 19 of 33
• next →