Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8ZAM	39880	2024-09-23	2024-04-25	2.5	2.87	2.53	2.8	0.007	0.87	0.0	0.04	22.82	0.01	2.265	9.50	2.46	5.3	94.7	0.0	1.70	0.60	0.88	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4000	492	4	0	2	0	0	logfile
✘	9BHT	44552	2024-09-26	2024-04-22	3.26	4.41	3.27	3.3	0.006	1.13	4.0	0.05	19.39	0.01	2.058	21.47	2.05	6.0	93.0	1.0	-0.68	0.84	0.70	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12725	1562	12	4	2	0	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2024-09-25	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1154	9	36	1	0	0	logfile
✘	9B64	44245	2024-09-28	2024-03-23	3.56	2.72	3.47	3.4	0.003	0.64	0.0	0.04	16.81	0.01	2.201	9.65	0.15	2.6	97.4	0.0	1.70	0.61	0.81	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18493	2378	8	0	0	0	0	logfile
✘	9EQ5	19897	2024-09-27	2024-03-20	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15796	2052	8	0	0	0	0	logfile
✘	9B38	44131	2024-09-29	2024-03-18	3.36	3.64	3.42	3.6	0.008	1.30	0.0	0.08	20.14	0.01	2.270	4.66	0.76	9.0	90.6	0.4	-5.67	0.71	0.77	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22670	2720	26	0	74	0	0	logfile
✘	9ENP	19837	2024-09-26	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11552	1338	7	48	4	7	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2024-09-23	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile
✘	9B03	44026	2024-09-30	2024-03-11	2.95	3.69	—	3.2	0.005	0.96	0.0	0.06	13.38	0.01	2.097	1.93	0.00	3.0	97.0	0.0	-2.06	0.84	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23896	3020	14	0	12	0	0	logfile
✘	9AYX	44001	2024-09-30	2024-03-08	3.0	3.22	3.09	3.3	0.004	0.71	0.0	0.05	13.83	0.01	2.313	3.10	0.00	4.0	96.0	0.0	-1.09	0.66	0.79	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24813	3123	6	0	30	0	0	logfile
✘	9ATP	43832	2024-09-26	2024-02-27	3.5	4.08	3.59	3.8	0.005	0.73	0.0	0.05	15.18	0.01	2.043	15.12	0.21	6.2	93.5	0.3	-1.38	0.75	0.76	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13004	1636	6	0	0	0	0	logfile
✘	9ASo	43821	2024-09-25	2024-02-26	2.9	3.56	2.94	3.1	0.003	0.60	0.0	0.05	17.62	0.00	2.281	3.38	1.04	1.6	98.4	0.0	1.28	0.80	0.66	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9426	966	6	71	4	2	0	logfile
✘	8YGJ	39253	2024-09-29	2024-02-26	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19466	1777	6	241	0	0	0	logfile
✘	9ARF	43780	2024-09-29	2024-02-23	3.13	3.32	3.17	3.3	0.010	1.16	42.0	0.08	11.19	0.01	1.985	8.25	5.16	4.6	95.3	0.1	-3.34	0.69	0.76	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23032	3166	10	0	6	0	0	logfile
✘	8Y8B	39040	2024-09-24	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2024-09-23	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2024-09-24	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8Y2E	38852	2024-09-23	2024-01-25	3.03	3.33	3.15	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	0	logfile
✘	8RT8	19482	2024-09-25	2024-01-25	3.05	4.11	3.09	3.4	0.006	0.81	0.0	0.05	13.74	0.01	1.973	17.21	0.07	3.8	96.2	0.0	-0.89	0.79	0.86	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55802	7184	46	0	0	0	0	logfile
✘	8XUT	38683	2024-09-30	2024-01-14	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25149	3126	6	0	49	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 33
• next →