Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7DH5	30678	2024-09-24	2020-11-12	3.16	3.27	3.08	3.3	0.008	0.80	0.0	0.05	14.10	0.00	2.005	10.57	0.00	5.6	94.4	0.0	-3.78	0.66	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7850	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7ASN	11901	2024-09-30	2020-10-27	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80694	2545	25	2848	0	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2024-09-24	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2024-09-24	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJW	22900	2024-09-24	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7ARM	11887	2024-09-25	2020-10-25	3.6	3.73	—	3.7	0.003	0.70	0.0	0.05	13.16	0.01	2.328	2.77	0.17	4.8	95.2	0.0	-5.79	0.68	0.72	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1438	7	0	2	0	0	logfile
✘	7AoD	11841	2024-09-26	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	7KE8	22834	2024-09-30	2020-10-10	3.26	3.87	—	3.7	0.014	1.73	1.0	0.10	12.88	0.01	2.519	0.11	1.20	6.3	93.6	0.1	-0.97	0.81	0.81	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23994	2957	21	0	63	0	0	logfile
✘	7KDP	22828	2024-09-27	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	7KC0	22803	2024-09-28	2020-10-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19553	2334	10	47	4	0	0	logfile
✘	7KBB	22788	2024-09-24	2020-10-01	4.02	2.37	4.07	2.0	0.006	1.16	0.0	0.06	14.88	0.01	2.073	14.81	1.58	5.4	94.1	0.5	-1.59	0.57	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6422	812	7	0	0	0	0	logfile
✘	7AiP	11801	2024-09-26	2020-09-28	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13535	1734	10	0	14	4	0	logfile
✘	7K57	22676	2024-09-28	2020-09-16	3.7	4.17	3.78	4.0	0.007	1.03	0.0	0.06	15.81	0.01	2.107	6.10	0.94	5.9	94.1	0.0	-4.46	0.85	0.83	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70104	8892	12	0	0	0	0	logfile
✘	7D06	30525	2024-09-28	2020-09-09	3.1	3.23	—	3.2	0.012	1.54	0.0	0.06	19.88	0.02	2.021	10.56	4.91	10.4	88.6	1.0	-5.86	0.75	0.85	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18328	2374	15	0	12	0	0	logfile
✘	7A6B	11669	2024-09-29	2020-08-25	1.33	1.21	—	1.3	0.015	1.60	24.0	0.12	16.78	0.01	1.893	4.97	4.17	1.2	98.8	0.0	2.52	0.52	0.65	9.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41494	4152	72	0	32	3854	0	logfile
✘	7JR9	22444	2024-09-25	2020-08-11	2.95	3.21	—	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	8.26	0.01	2.235	4.11	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.53	0.84	0.89	5.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10021	1300	7	0	14	0	0	logfile
✘	7CQ7	30438	2024-09-26	2020-08-08	3.55	3.95	—	4.0	0.008	1.07	0.0	0.06	10.35	0.01	1.915	5.84	0.07	9.3	90.7	0.0	-4.47	0.39	0.42	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13810	1766	8	0	9	0	0	logfile
✘	7CP9	30421	2024-09-24	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	17.40	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	0	logfile
✘	6ZXG	11520	2024-09-30	2020-07-29	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79865	5625	47	1651	135	0	0	logfile
✘	6ZXH	11521	2024-09-30	2020-07-29	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76979	5195	45	1651	135	0	0	logfile

• ← previous
• Page 25 of 33
• next →