Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6M5R	30090	2024-09-25	2020-03-11	3.5	3.68	—	3.6	0.005	0.77	2.0	0.05	15.65	0.00	2.015	11.54	5.29	9.2	90.7	0.1	-3.65	0.61	0.80	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11055	1440	4	0	2	0	0	logfile
✘	6M4N	30079	2024-09-28	2020-03-07	3.8	4.04	—	3.8	0.009	1.17	0.0	0.06	11.94	0.01	2.164	7.82	0.73	10.9	88.9	0.2	-4.50	0.70	0.81	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17836	2254	10	0	2	0	0	logfile
✘	6Y7C	10713	2024-09-30	2020-02-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79690	5381	34	1735	0	0	0	logfile
✘	6VYB	21457	2024-09-29	2020-02-25	3.2	3.72	—	3.6	0.015	1.38	1.0	0.10	10.14	0.01	2.299	0.53	0.13	2.4	97.5	0.1	0.50	0.77	0.78	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22365	2875	18	0	59	0	0	logfile
✘	6VXZ	21453	2024-09-26	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.07	0.0	0.06	23.66	0.01	1.959	12.61	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2024-09-29	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	6LX3	30004	2024-09-25	2020-02-10	3.15	3.29	3.08	3.2	0.016	1.20	0.0	0.07	15.57	0.01	2.266	5.25	1.40	10.5	89.5	0.0	-3.73	0.72	0.85	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11503	1490	6	0	0	0	0	logfile
✘	6XZR	10666	2024-09-28	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.72	—	—	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.47	—	—	—	2.18	66206	4077	8	19	0	0	33177	logfile
✘	6XZP	10664	2024-09-28	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.75	—	—	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.28	—	—	—	2.21	66221	4077	8	20	0	0	33176	logfile
✘	6XZG	10662	2024-09-28	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.77	—	—	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.76	—	—	—	1.39	65993	4065	8	19	0	0	33062	logfile
✘	6XZD	10659	2024-09-27	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.86	—	—	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63749	3919	7	20	0	0	31961	logfile
✘	6VPC	21308	2024-09-27	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2024-09-26	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.033	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2024-09-26	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.033	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	6VKS	21228	2024-09-30	2020-01-22	3.02	3.41	—	3.4	0.007	0.89	0.0	0.05	15.55	0.01	1.946	8.72	0.00	3.2	96.8	0.0	-3.88	0.74	0.79	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24034	3131	6	0	18	0	0	logfile
✘	6VL6	21231	2024-09-29	2020-01-22	4.6	5.00	4.54	4.6	0.019	1.46	0.0	0.09	11.38	0.01	2.431	0.59	0.00	0.9	99.1	0.0	0.45	0.87	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21504	2640	24	0	0	0	0	logfile
✘	6VK3	21224	2024-09-24	2020-01-18	3.7	3.81	—	3.8	0.006	0.93	0.0	0.06	14.84	0.01	2.013	12.45	0.00	5.1	94.8	0.1	-2.61	0.68	0.80	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7784	954	3	0	7	0	0	logfile
✘	6LQH	0945	2024-09-27	2020-01-13	2.94	3.06	2.73	3.0	0.008	0.83	0.0	0.05	17.09	0.00	2.268	12.84	9.05	9.3	90.7	0.0	-2.73	0.72	0.85	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16623	2160	18	0	0	0	0	logfile
✘	6VFi	21173	2024-09-25	2020-01-05	4.54	4.63	4.96	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.023	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58488	7560	48	0	0	0	0	logfile
✘	6VE3	21153	2024-09-29	2019-12-28	4.3	4.68	4.39	4.4	0.005	1.17	2.0	0.07	5.96	0.01	2.179	22.46	0.00	3.4	96.3	0.3	-0.31	0.81	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22484	4578	14	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 27 of 33
• next →