Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6UJA	20794	2024-09-24	2019-10-02	3.3	3.49	—	3.4	0.014	1.49	0.0	0.09	11.59	0.01	1.802	0.19	0.14	2.7	97.1	0.2	0.28	0.82	0.82	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8224	1128	10	0	23	0	0	logfile
✘	6UGF	20763	2024-09-26	2019-09-26	4.2	4.51	—	4.2	0.008	1.11	0.0	0.05	14.48	0.01	2.046	4.71	0.30	6.0	93.9	0.1	-4.55	0.80	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13874	1862	12	0	9	0	0	logfile
✘	6UEN	20754	2024-09-26	2019-09-22	3.67	3.75	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.23	0.00	2.112	9.04	0.13	4.6	95.4	0.0	-2.28	0.73	0.83	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13705	1696	5	0	0	0	0	logfile
✘	6SWE	10324	2024-09-29	2019-09-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	6UCV	20729	2024-09-27	2019-09-17	4.1	4.53	—	4.2	0.005	0.94	0.0	0.05	10.41	0.01	2.210	5.32	0.00	2.8	97.2	0.0	-1.87	0.60	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15102	1947	22	0	2	0	0	logfile
✘	6KXS	0782	2024-09-29	2019-09-12	3.4	3.50	—	3.4	0.018	1.44	0.0	0.09	15.96	0.01	2.157	9.00	3.30	15.2	84.4	0.4	-4.73	0.70	0.72	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22499	2869	23	0	12	0	0	logfile
✘	6U96	20694	2024-09-27	2019-09-06	3.8	3.99	—	3.8	0.014	1.12	0.0	0.07	11.42	0.01	1.838	1.79	0.63	6.8	93.2	0.0	-4.97	0.77	0.89	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14910	1890	15	0	5	0	0	logfile
✘	6KS6	0758	2024-09-27	2019-08-23	2.99	3.11	—	3.1	0.002	0.49	0.0	0.04	8.47	0.00	2.071	8.81	0.01	3.4	96.4	0.2	-3.34	0.59	0.68	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65514	8502	46	0	46	14	0	logfile
✘	6SKY	10231	2024-09-29	2019-08-16	2.8	2.95	—	3.0	0.009	0.69	0.0	0.05	13.86	0.00	2.077	5.03	3.63	4.2	95.8	0.0	-2.12	0.75	0.85	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22348	2824	4	0	4	0	0	logfile
✘	6KPF	0744	2024-09-24	2019-08-15	2.9	3.03	—	3.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.93	0.01	2.215	5.40	0.00	4.4	95.4	0.2	-4.46	0.67	0.82	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8775	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	6KN8	0729	2024-09-26	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	6PZA	20530	2024-09-25	2019-07-31	3.74	3.92	—	3.9	0.008	1.06	0.0	0.06	11.13	0.01	2.252	3.22	0.00	8.0	92.0	0.0	-4.29	0.51	0.50	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9659	1441	3	0	2	0	0	logfile
✘	6PW6	20500	2024-09-27	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.022	1.83	0.0	0.11	13.61	0.01	2.200	1.61	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	6PVK	20491	2024-09-26	2019-07-20	3.4	3.47	—	3.4	0.010	1.03	5.0	0.05	25.56	0.01	1.370	14.08	6.50	10.3	88.7	1.0	-4.94	0.69	0.69	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60554	1791	18	2169	0	2	0	logfile
✘	6PUT	20481	2024-09-25	2019-07-18	2.9	3.22	2.96	3.2	0.007	0.82	0.0	0.05	19.07	0.01	0.000	5.13	0.20	2.5	97.5	0.0	-3.43	0.73	0.90	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10976	1170	28	68	8	308	0	logfile
✘	6S8G	10121	2024-09-25	2019-07-10	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7530	957	7	0	3	0	0	logfile
✘	6Po1	20406	2024-09-24	2019-07-03	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53244	3407	20	0	18	0	26717	logfile
✘	6S6T	10105	2024-09-25	2019-07-03	4.1	4.22	4.17	4.1	0.024	0.98	0.0	0.08	13.05	0.00	1.163	8.26	0.02	5.6	94.4	0.0	-3.19	0.74	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56543	7304	14	0	17	0	0	logfile
✘	6PoD	20412	2024-09-24	2019-07-03	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53637	3427	20	0	25	0	26898	logfile
✘	6S1M	10080	2024-09-28	2019-06-19	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 29 of 33
• next →