Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8X8N	38150	2024-09-27	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8V1Q	42887	2024-09-26	2023-11-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11914	1367	5	56	2	3	0	logfile
✘	8V1R	42888	2024-09-26	2023-11-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11864	1355	5	56	6	3	0	logfile
✘	8R64	18946	2024-09-26	2023-11-20	3.2	3.36	3.32	3.3	0.002	0.49	0.0	0.05	11.85	0.00	1.940	4.62	0.29	1.4	98.6	0.0	2.70	0.83	0.85	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13429	1765	13	0	12	0	0	logfile
✘	8X64	38079	2024-09-23	2023-11-20	3.4	4.16	3.79	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8R57	18903	2024-09-30	2023-11-16	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25048	1878	29	458	28	357	0	logfile
✘	8X2L	38016	2024-09-24	2023-11-09	2.99	2.32	2.96	3.0	0.006	0.80	0.0	0.05	13.83	0.01	2.102	3.36	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.31	0.74	0.76	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7099	885	6	0	9	1	0	logfile
✘	8R34	18860	2024-09-24	2023-11-08	2.62	2.82	2.62	2.9	0.004	0.65	0.0	0.04	19.66	0.00	2.167	7.50	2.41	2.3	97.7	0.0	0.34	0.62	0.83	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7762	970	6	0	14	62	0	logfile
✘	8UW3	42637	2024-09-26	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8URU	42501	2024-09-24	2023-10-26	3.7	3.90	3.70	3.9	0.005	0.98	1.0	0.05	21.44	0.01	2.058	21.18	3.21	10.9	88.1	0.9	-2.97	0.70	0.74	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8895	1001	6	43	1	0	0	logfile
✘	8QYo	18760	2024-09-23	2023-10-26	2.84	3.26	2.99	3.2	0.006	0.66	0.0	0.05	13.09	0.00	2.208	3.23	0.02	2.6	97.4	0.0	0.66	0.75	0.84	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47940	6174	28	0	0	0	0	logfile
✘	8WUV	37861	2024-09-29	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18899	1779	6	213	0	0	0	logfile
✘	8WUT	37859	2024-09-29	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18316	1766	6	190	0	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2024-09-29	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8UNo	42411	2024-09-24	2023-10-19	3.3	3.74	3.50	3.7	0.005	0.67	0.0	0.04	13.45	0.00	2.236	5.25	0.17	2.1	97.9	0.0	1.15	0.59	0.82	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6489	894	6	0	2	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2024-09-24	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8QU9	18658	2024-09-28	2023-10-15	2.88	2.61	2.88	2.8	0.003	0.56	0.0	0.03	17.55	0.00	0.000	10.00	0.00	0.0	100.0	0.0	-2.00	0.74	0.87	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72756	8836	141	0	94	47	0	logfile
✘	8WPF	37715	2024-09-27	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile
✘	8QSN	18637	2024-09-23	2023-10-10	3.54	4.23	3.52	4.0	0.002	0.48	0.0	0.03	10.37	0.00	2.269	4.15	3.75	3.5	96.5	0.0	2.22	0.55	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3579	464	1	0	0	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2024-09-27	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 33
• next →