Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WPE	37714	2024-09-27	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2024-09-27	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile
✘	8QSN	18637	2024-09-23	2023-10-10	3.54	4.23	3.52	4.0	0.002	0.48	0.0	0.03	10.37	0.00	2.269	4.15	3.75	3.5	96.5	0.0	2.22	0.55	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3579	464	1	0	0	0	0	logfile
✘	8WoZ	37703	2024-09-23	2023-10-08	3.25	2.47	3.32	2.2	0.003	0.70	1.0	0.04	16.32	0.01	2.147	10.00	0.15	5.8	94.2	0.0	-0.58	0.75	0.72	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6244	768	3	0	1	0	0	logfile
✘	8WNS	37671	2024-09-24	2023-10-06	3.42	3.80	3.55	3.7	0.003	0.65	0.0	0.04	16.66	0.00	2.207	10.68	0.39	4.0	96.0	0.0	1.29	0.64	0.77	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7226	924	3	0	4	0	0	logfile
✘	8QQZ	18609	2024-09-26	2023-10-06	2.63	2.79	2.65	2.8	0.013	1.53	0.0	0.08	15.82	0.02	2.182	4.98	2.34	0.8	99.2	0.0	-1.99	0.72	0.90	4.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11871	1360	15	0	56	195	0	logfile
✘	8QPE	18548	2024-09-25	2023-10-01	3.1	3.23	3.01	3.0	0.002	0.47	0.0	0.11	15.70	0.00	2.202	8.57	0.00	1.9	98.1	0.0	1.39	0.69	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54566	6251	21	236	1	0	0	logfile
✘	8UC7	42116	2024-09-27	2023-09-25	2.9	3.13	2.84	3.1	0.015	1.75	4.0	0.09	13.19	0.01	2.560	2.24	0.00	1.7	98.3	0.0	-0.57	0.61	0.79	6.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14840	1936	8	0	16	0	0	logfile
✘	8WJ0	37574	2024-09-26	2023-09-25	2.24	2.40	2.24	2.5	0.015	1.72	18.0	0.10	18.81	0.03	0.000	12.28	13.66	1.1	98.9	0.0	-1.94	0.57	0.71	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14370	1698	36	0	24	888	0	logfile
✘	8WiX	37571	2024-09-27	2023-09-25	2.29	2.42	2.29	2.4	0.015	1.75	0.0	0.10	18.64	0.02	0.000	8.78	9.17	2.8	96.8	0.4	-1.63	0.58	0.74	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14940	1722	36	0	24	702	0	logfile
✘	8UBX	42108	2024-09-24	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8UBW	42107	2024-09-24	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8WiY	37572	2024-09-27	2023-09-25	2.31	2.56	2.31	2.6	0.014	1.72	0.0	0.10	19.56	0.02	0.000	10.57	11.25	2.5	97.5	0.0	-1.41	0.56	0.70	4.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15486	1722	36	0	24	1248	0	logfile
✘	8WJ1	37575	2024-09-26	2023-09-25	2.27	2.40	2.29	2.5	0.015	1.77	12.0	0.10	18.98	0.03	0.000	10.88	14.10	1.1	98.6	0.4	-1.89	0.56	0.71	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14196	1698	36	0	24	738	0	logfile
✘	8WiZ	37573	2024-09-27	2023-09-25	2.2	2.38	2.23	2.4	0.015	1.78	6.0	0.10	20.31	0.03	0.000	13.55	10.83	2.8	97.2	0.0	-1.91	0.59	0.73	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15306	1722	36	0	18	1068	0	logfile
✘	8WJ2	37576	2024-09-27	2023-09-25	2.35	2.51	2.35	2.6	0.015	1.95	12.0	0.10	18.14	0.03	0.000	8.58	11.26	2.1	97.5	0.4	-2.08	0.58	0.73	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14844	1722	36	0	12	1176	0	logfile
✘	8QMA	18496	2024-09-24	2023-09-21	3.5	2.52	—	1.8	0.004	0.69	0.0	0.05	13.65	0.01	1.997	5.82	0.74	4.0	95.7	0.2	-1.28	0.80	0.74	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52064	6421	23	0	4	0	0	logfile
✘	8WCR	37447	2024-09-27	2023-09-13	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14615	1560	15	0	50	270	0	logfile
✘	8U63	41942	2024-09-24	2023-09-13	3.01	2.25	2.99	2.0	0.003	0.56	0.0	0.04	17.94	0.00	2.151	8.88	0.48	2.8	97.2	0.0	-0.74	0.77	0.79	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7758	984	4	0	2	0	0	logfile
✘	8QHC	18407	2024-09-27	2023-09-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14829	1764	5	61	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 34
• next →