cryo-EM Re-Refine

Table showing results for September 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	9MN9	48417	2025-09-17	2024-12-20	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8742	977	6	44	2	0	logfile
✘	9MiH	48290	2025-09-18	2024-12-12	3.9	4.24	4.04	4.1	0.008	1.07	0.0	0.05	15.09	0.01	1.775	5.90	0.13	6.1	93.9	0.0	-1.14	0.74	0.81	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20955	2577	28	0	66	0	logfile
✘	9HNW	52316	2025-09-17	2024-12-11	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9349	1178	6	0	2	0	logfile
✘	9EKF	48120	2025-09-18	2024-12-02	2.68	2.85	2.69	2.9	0.005	0.94	0.0	0.06	16.75	0.01	0.836	4.34	2.15	4.2	95.8	0.0	-1.19	0.46	0.67	4.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17537	2145	15	0	33	0	logfile
✘	9EGQ	47995	2025-09-18	2024-11-21	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15267	1875	10	0	7	0	logfile
✘	9EGM	47991	2025-09-18	2024-11-21	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14255	1690	15	0	15	330	logfile
✘	9HH1	52168	2025-09-17	2024-11-20	3.9	4.10	1.62	4.0	0.015	1.45	0.0	0.08	10.77	0.01	1.889	13.10	0.56	2.5	97.5	0.0	-1.27	0.59	0.43	1.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3300	412	2	0	0	0	logfile
✘	9EFZ	47982	2025-09-18	2024-11-20	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14477	1700	15	0	15	382	logfile
✘	9EDC	47944	2025-09-17	2024-11-16	4.18	5.14	4.40	5.9	0.005	0.88	0.0	0.05	13.87	0.01	2.263	2.91	0.00	2.5	97.3	0.2	-1.43	0.70	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4062	498	3	0	1	0	logfile
✘	9KMJ	62435	2025-09-17	2024-11-16	3.1	3.32	3.08	3.3	0.006	0.88	0.0	0.05	13.75	0.01	2.251	6.35	0.00	4.0	96.0	0.0	-1.43	0.62	0.82	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6019	762	4	0	4	1	logfile
✘	9HDR	52073	2025-09-17	2024-11-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12202	1263	8	86	2	0	logfile
✘	9HDo	52070	2025-09-17	2024-11-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1025	8	86	2	0	logfile
✘	9KJT	62375	2025-09-18	2024-11-12	3.84	4.76	3.86	4.1	0.006	0.66	0.0	0.04	16.58	0.00	2.198	16.72	0.11	5.4	94.6	0.0	1.01	0.93	0.88	1.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16413	2130	3	0	0	0	logfile
✘	9HDP	52071	2025-09-17	2024-11-12	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1025	8	86	2	0	logfile
✘	9EAP	47839	2025-09-17	2024-11-11	2.7	2.81	2.69	2.9	0.004	0.73	0.0	0.04	18.58	0.00	2.148	8.42	4.25	7.9	92.0	0.1	-1.48	0.19	0.54	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11883	1534	6	0	3	0	logfile
✘	9EAN	47837	2025-09-17	2024-11-11	2.4	2.52	2.43	4.8	0.006	0.84	0.0	0.05	17.82	0.01	2.091	5.34	2.75	5.5	94.3	0.2	-0.84	0.03	-0.02	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11798	1535	3	0	0	0	logfile
✘	9HBW	52032	2025-09-17	2024-11-08	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10702	1259	8	54	0	0	logfile
✘	9HBU	52030	2025-09-17	2024-11-08	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5530	629	4	37	0	0	logfile
✘	9HBV	52031	2025-09-17	2024-11-08	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5405	629	5	30	0	0	logfile
✘	9HBT	52029	2025-09-18	2024-11-08	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13327	1581	10	60	0	0	logfile