cryo-EM Re-Refine

Table showing results for September 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9CEX	45522	2025-09-18	2024-06-27	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14679	600	8	151	3	3	6578	logfile
✘	9CEW	45521	2025-09-18	2024-06-27	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15163	600	7	166	3	0	6758	logfile
✘	9CEV	45520	2025-09-18	2024-06-27	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14047	600	6	131	3	3	6353	logfile
✘	9CEY	45523	2025-09-18	2024-06-27	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13829	607	6	121	3	3	6298	logfile
✘	9CEZ	45524	2025-09-18	2024-06-27	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13540	600	6	115	3	3	6178	logfile
✘	9CET	45518	2025-09-18	2024-06-27	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14090	596	5	134	1	0	6375	logfile
✘	9CEU	45519	2025-09-18	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9iK9	60651	2025-09-18	2024-06-26	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16993	1124	9	0	6	0	8388	logfile
✘	9CDD	45468	2025-09-17	2024-06-24	3.05	3.24	3.04	3.4	0.014	1.21	0.0	0.08	25.46	0.01	0.629	22.71	1.95	3.4	96.6	0.0	-1.04	0.50	0.64	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6867	720	6	0	24	81	0	logfile
✘	9CDC	45467	2025-09-17	2024-06-24	3.08	3.33	3.12	3.4	0.102	1.66	0.0	0.21	26.76	0.01	0.000	22.67	1.95	5.0	95.0	0.0	0.78	0.48	0.62	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11410	1200	10	0	40	100	0	logfile
✘	9CDE	45469	2025-09-17	2024-06-24	3.44	3.63	3.44	3.7	0.012	1.15	0.0	0.08	25.59	0.01	2.031	23.34	1.46	7.1	92.9	0.0	1.12	0.56	0.72	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6822	720	6	0	24	36	0	logfile
✘	9iiK	60596	2025-09-18	2024-06-20	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14001	1774	5	0	1	0	0	logfile
✘	9CC1	45431	2025-09-19	2024-06-20	2.92	3.26	2.88	3.2	0.003	0.65	1.0	0.04	12.73	0.00	2.013	5.36	0.08	1.4	98.5	0.0	0.65	0.80	0.84	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24523	3123	13	0	24	0	0	logfile
✘	9CB3	45413	2025-09-17	2024-06-18	3.47	3.78	3.64	3.8	0.015	1.61	1.0	0.05	18.76	0.01	1.293	12.53	1.46	5.0	95.0	0.0	0.03	0.57	0.68	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4995	672	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ZYR	60577	2025-09-18	2024-06-18	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15489	1952	5	0	1	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-09-17	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2025-09-17	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	9C9U	45371	2025-09-17	2024-06-15	4.5	4.04	3.57	3.8	0.011	1.48	0.0	0.07	15.52	0.01	2.048	19.72	0.00	10.7	89.3	0.0	-3.13	0.72	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3018	444	18	0	0	0	0	logfile
✘	9C53	45196	2025-09-17	2024-06-05	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9060	1011	6	50	2	0	0	logfile
✘	9C52	45195	2025-09-17	2024-06-05	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9167	1011	6	55	2	0	0	logfile