cryo-EM Re-Refine

Table showing results for September 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9C52	45195	2025-09-17	2024-06-05	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9167	1011	6	55	2	0	0	logfile
✘	9FKN	50523	2025-09-17	2024-06-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7921	508	3	0	1	0	3969	logfile
✘	9FK5	50519	2025-09-17	2024-06-02	4.1	4.17	3.38	3.5	0.003	0.52	0.0	0.04	9.26	0.00	2.030	7.29	2.25	5.2	94.8	0.0	-0.88	0.78	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5765	735	5	0	0	0	0	logfile
✘	9C2B	45153	2025-09-17	2024-05-30	2.42	2.65	2.43	2.7	0.007	0.99	0.0	0.06	18.26	0.01	2.161	3.71	0.00	2.1	97.9	0.0	0.27	0.67	0.85	4.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8208	990	15	0	24	141	0	logfile
✘	8ZNR	60279	2025-09-19	2024-05-28	2.9	2.29	2.94	2.0	0.007	1.17	0.0	0.07	18.22	0.01	2.197	6.56	1.40	6.6	93.0	0.4	-3.03	0.80	0.82	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22605	2607	11	91	0	0	0	logfile
✘	9BYC	45026	2025-09-18	2024-05-23	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9FGF	50399	2025-09-18	2024-05-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1686	16	0	43	0	0	logfile
✘	9FGH	50402	2025-09-18	2024-05-23	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15116	1795	17	0	38	0	0	logfile
✘	9FFF	50355	2025-09-18	2024-05-23	3.68	4.27	3.58	2.7	0.003	0.65	0.0	0.04	20.68	0.00	2.128	11.94	0.67	4.4	95.5	0.1	0.95	0.83	0.72	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15045	2069	4	65	0	0	0	logfile
✘	9BYA	45024	2025-09-18	2024-05-23	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9FFT	50373	2025-09-18	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14939	1784	16	0	33	0	0	logfile
✘	9BY8	45021	2025-09-18	2024-05-23	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9BY1	45017	2025-09-17	2024-05-23	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11522	1394	6	2	6	0	0	logfile
✘	9BYD	45029	2025-09-18	2024-05-23	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9FG4	50384	2025-09-18	2024-05-23	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14167	1676	15	0	33	0	0	logfile
✘	9BY9	45023	2025-09-18	2024-05-23	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9FFR	50371	2025-09-18	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14975	1784	17	0	34	0	0	logfile
✘	9FFN	50367	2025-09-18	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15185	1784	18	0	40	0	0	logfile
✘	9FGB	50391	2025-09-18	2024-05-23	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14977	1785	14	0	33	0	0	logfile
✘	9FG9	50389	2025-09-18	2024-05-23	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15031	1710	22	0	51	172	0	logfile