cryo-EM Re-Refine

Table showing results for September 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	9BY1	45017	2025-09-17	2024-05-23	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11522	1394	6	2	6	0	logfile
✘	9BYD	45029	2025-09-18	2024-05-23	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9FFR	50371	2025-09-18	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14975	1784	17	0	34	0	logfile
✘	9FFU	50374	2025-09-18	2024-05-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15619	1784	25	0	44	374	logfile
✘	9BY9	45023	2025-09-18	2024-05-23	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9FFo	50368	2025-09-18	2024-05-23	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15019	1784	17	0	36	0	logfile
✘	9FG6	50386	2025-09-18	2024-05-23	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14189	1676	18	0	36	0	logfile
✘	9FFX	50377	2025-09-18	2024-05-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15015	1799	14	0	34	0	logfile
✘	9FFY	50378	2025-09-18	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15091	1799	16	0	36	0	logfile
✘	9FGB	50391	2025-09-18	2024-05-23	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14977	1785	14	0	33	0	logfile
✘	9FG7	50387	2025-09-18	2024-05-23	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14703	1710	22	0	42	110	logfile
✘	9BY2	45018	2025-09-18	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9FFL	50365	2025-09-18	2024-05-23	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15223	1784	24	0	44	56	logfile
✘	9FG4	50384	2025-09-18	2024-05-23	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14167	1676	15	0	33	0	logfile
✘	9FG8	50388	2025-09-18	2024-05-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14703	1710	22	0	42	110	logfile
✘	9BYG	45030	2025-09-18	2024-05-23	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9BY3	45019	2025-09-18	2024-05-23	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9FGC	50394	2025-09-18	2024-05-23	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15032	1790	15	0	34	0	logfile
✘	9BYA	45024	2025-09-18	2024-05-23	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9BYC	45026	2025-09-18	2024-05-23	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile