Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QHC	18407	2024-10-13	2023-09-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14829	1764	5	61	2	0	0	logfile
✘	8WA0	37387	2024-10-12	2023-09-06	2.7	3.55	2.95	3.1	0.015	1.73	88.0	0.15	13.64	0.01	1.455	4.86	5.39	2.7	97.3	0.0	0.57	0.82	0.84	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61128	8354	26	19	4	0	0	logfile
✘	8W9A	37362	2024-10-11	2023-09-05	2.7	2.81	2.62	2.8	0.008	0.80	0.0	0.05	10.21	0.01	2.156	13.98	0.18	5.4	94.6	0.0	-4.40	0.70	0.83	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10289	1245	3	0	1	2	0	logfile
✘	8QFS	18383	2024-10-13	2023-09-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13294	1576	4	61	2	0	0	logfile
✘	8QEo	18374	2024-10-14	2023-09-01	3.26	2.53	3.32	3.1	0.004	0.53	0.0	0.04	11.10	0.00	2.018	6.28	2.65	8.6	91.3	0.1	-1.38	0.75	0.71	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18126	2267	3	0	1	0	0	logfile
✘	8QEM	18372	2024-10-14	2023-08-31	3.96	3.85	3.85	3.6	0.004	0.68	0.0	0.04	14.36	0.01	2.149	0.97	0.00	1.4	98.6	0.0	-0.22	0.72	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71054	8511	26	126	0	0	0	logfile
✘	8W7L	37340	2024-10-13	2023-08-30	3.75	4.06	3.93	4.0	0.005	1.15	4.0	0.07	15.25	0.01	2.293	7.50	0.06	13.3	85.9	0.8	-3.90	0.78	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14636	1814	6	0	2	0	0	logfile
✘	8U14	41801	2024-10-14	2023-08-30	3.9	4.27	3.88	4.0	0.003	0.65	0.0	0.04	26.36	0.00	1.330	14.66	0.00	3.3	96.7	0.0	0.65	0.88	0.83	1.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13995	1006	13	293	2	0	0	logfile
✘	8QC1	18325	2024-10-11	2023-08-25	2.5	2.43	2.49	2.5	0.004	0.57	0.0	0.04	18.50	0.00	1.851	2.92	0.45	2.1	97.9	0.0	0.76	0.71	0.90	5.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9431	1118	6	0	15	115	0	logfile
✘	8TYC	41713	2024-10-11	2023-08-24	3.3	3.96	3.46	3.7	0.021	1.75	0.0	0.15	16.24	0.02	2.365	2.90	0.00	3.1	96.9	0.0	0.44	0.75	0.78	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10628	1058	39	0	295	0	0	logfile
✘	8TXR	41704	2024-10-14	2023-08-24	3.8	3.13	—	1.5	0.004	0.46	0.0	0.04	11.55	0.00	1.930	3.65	0.59	1.8	98.2	0.0	0.92	0.88	0.81	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19020	2388	20	0	0	0	0	logfile
✘	8KiE	37258	2024-10-12	2023-08-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12424	600	5	361	30	0	0	logfile
✘	8TWK	41669	2024-10-11	2023-08-21	2.6	2.88	2.70	2.9	0.003	0.51	0.0	0.04	16.48	0.00	2.140	10.30	2.34	1.8	98.2	0.0	1.70	0.57	0.81	4.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10800	1372	8	0	0	328	0	logfile
✘	8TWL	41670	2024-10-11	2023-08-21	2.7	2.90	2.72	2.9	0.003	0.50	0.0	0.04	16.84	0.00	2.155	11.06	2.34	1.4	98.6	0.0	1.43	0.60	0.83	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10800	1372	8	0	0	328	0	logfile
✘	8TWM	41671	2024-10-11	2023-08-21	2.6	2.85	2.66	2.9	0.003	0.54	0.0	0.04	16.70	0.00	2.158	11.58	1.89	2.2	97.8	0.0	1.47	0.57	0.81	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10800	1372	8	0	0	328	0	logfile
✘	8TVS	41650	2024-10-11	2023-08-18	4.4	4.59	4.48	4.1	0.004	0.77	0.0	0.05	15.19	0.00	1.713	10.23	0.00	4.5	95.5	0.1	-0.62	0.83	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56913	3697	22	104	443	0	24971	logfile
✘	8Q8S	18259	2024-10-11	2023-08-18	2.68	2.07	2.67	2.3	0.011	2.11	3.0	0.10	9.52	0.01	2.513	0.47	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.68	0.30	0.74	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10611	684	9	0	0	0	5409	logfile
✘	8TVP	41647	2024-10-13	2023-08-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63938	3748	22	103	443	0	29847	logfile
✘	8TVW	41653	2024-10-12	2023-08-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61455	3748	21	56	9	0	30492	logfile
✘	8TVX	41654	2024-10-12	2023-08-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59080	3748	21	56	9	0	28632	logfile

• ← previous
• Page 7 of 40
• next →