Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JXP	36708	2024-10-10	2023-07-01	2.7	3.07	2.80	3.0	0.009	1.33	6.0	0.09	22.33	0.02	1.644	18.04	24.41	6.9	91.2	1.9	-2.49	0.65	0.81	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6294	786	9	0	21	9	0	logfile
✘	8JWi	36684	2024-10-11	2023-06-29	2.94	3.38	3.21	3.4	0.005	0.81	0.0	0.04	9.61	0.00	2.035	1.42	0.00	6.7	93.3	0.0	-3.73	0.65	0.78	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9431	1164	2	0	4	0	0	logfile
✘	8TA3	41127	2024-10-13	2023-06-26	2.46	2.64	2.45	2.6	0.013	1.82	1.0	0.09	13.07	0.01	2.519	0.13	0.92	2.5	97.4	0.1	-0.45	0.57	0.78	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14837	942	4	0	2	0	7545	logfile
✘	8TA5	41129	2024-10-15	2023-06-26	2.76	3.06	2.88	3.1	0.013	1.80	2.0	0.09	13.22	0.01	2.536	0.10	1.36	3.2	96.7	0.1	-1.18	0.46	0.61	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19775	1250	4	0	2	0	10041	logfile
✘	8T6T	41080	2024-10-12	2023-06-18	3.04	3.66	3.12	3.4	0.005	1.34	0.0	0.10	18.87	0.01	2.222	4.86	0.48	2.7	97.3	0.0	-1.61	0.82	0.87	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12306	1168	4	129	0	0	0	logfile
✘	8T4S	41039	2024-10-15	2023-06-09	2.6	2.55	—	1.7	0.005	0.70	0.0	0.05	23.99	0.01	1.654	12.19	3.03	4.5	95.1	0.4	-0.03	0.89	0.87	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74894	4895	42	1671	100	4	0	logfile
✘	8PBB	17583	2024-10-12	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	0	logfile
✘	8PB1	17580	2024-10-10	2023-06-08	3.5	3.99	3.47	3.7	0.005	0.86	0.0	0.06	15.49	0.01	2.253	6.71	0.26	3.7	96.3	0.0	-0.98	0.75	0.78	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	829	8	0	8	1	0	logfile
✘	8T3Y	41016	2024-10-12	2023-06-08	3.47	3.65	3.22	3.4	0.004	0.64	0.0	0.04	26.54	0.00	2.284	6.78	1.74	2.8	97.2	0.0	-1.27	0.87	0.87	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13001	886	14	292	4	0	0	logfile
✘	8T3Q	41008	2024-10-11	2023-06-07	3.14	3.59	3.25	3.6	0.008	1.15	2.0	0.07	14.66	0.01	2.144	11.89	1.75	4.3	95.6	0.1	-1.14	0.45	0.67	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1159	6	0	1	0	0	logfile
✘	8JMM	36423	2024-10-14	2023-06-05	3.75	8.01	3.82	3.2	0.002	0.50	0.0	0.04	8.68	0.00	2.196	6.60	3.80	3.7	96.3	0.0	-3.47	0.68	0.41	0.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70631	9100	18	0	0	0	0	logfile
✘	8P6X	17510	2024-10-09	2023-05-30	1.9	1.85	1.92	1.9	0.005	0.63	0.0	0.04	16.39	0.00	2.211	7.57	0.72	2.3	97.6	0.2	1.71	0.68	0.78	5.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5284	631	7	0	2	144	0	logfile
✘	8P7B	17528	2024-10-12	2023-05-30	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12363	1143	10	161	6	2	0	logfile
✘	8P7C	17529	2024-10-13	2023-05-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14275	1383	12	166	6	2	0	logfile
✘	8P7D	17530	2024-10-11	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile
✘	8JJ3	36339	2024-10-13	2023-05-29	2.6476	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14635	1560	15	0	50	265	0	logfile
✘	8JiW	36332	2024-10-14	2023-05-28	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68755	4412	37	1571	87	0	0	logfile
✘	8JHY	36300	2024-10-11	2023-05-25	2.87	2.15	—	2.8	0.007	0.96	0.0	0.05	13.90	0.01	2.078	10.20	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.25	0.75	0.77	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9073	1144	6	0	2	0	0	logfile
✘	8P5U	17453	2024-10-10	2023-05-24	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52878	6714	12	0	24	0	0	logfile
✘	8P4X	17429	2024-10-11	2023-05-23	2.57	2.74	2.57	2.8	0.004	0.56	0.0	0.04	13.12	0.00	2.112	1.65	0.00	3.6	96.4	0.0	-0.11	0.74	0.85	5.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8756	1052	6	0	4	84	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 40
• next →