Table showing results for November 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7PQE	13591	2021-11-02	2021-09-17	3.7	3.72	—	3.6	0.006	0.68	0.0	0.04	13.13	0.00	2.107	12.28	0.09	5.6	94.4	0.0	-1.09	0.81	0.82	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10746	1365	5	0	2	0	0	logfile
✘	7PPo	13583	2021-11-02	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10991	1382	5	0	3	0	1	logfile
✘	7V87	31792	2021-11-01	2021-08-22	3.3	3.93	—	3.6	0.003	0.59	0.0	0.04	14.38	0.00	2.167	6.50	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.21	0.79	0.84	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6617	797	6	0	12	0	0	logfile
✘	7V7U	31782	2021-11-03	2021-08-21	3.0	3.56	—	3.4	0.005	0.58	0.0	0.05	13.61	0.00	2.194	7.32	0.00	4.8	95.1	0.1	0.24	0.81	0.84	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25283	3088	41	0	83	0	0	logfile
✘	7RX4	24724	2021-11-02	2021-08-21	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14012	1798	62	0	0	0	0	logfile
✘	7RX5	24725	2021-11-01	2021-08-21	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9348	1189	41	0	0	0	0	logfile
✘	7RWL	24718	2021-11-23	2021-08-20	3.14	3.54	—	3.5	0.011	1.32	180.0	0.10	13.47	0.01	2.117	21.05	1.09	1.7	98.3	0.0	-1.02	0.63	0.81	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	248580	31020	60	0	0	0	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2021-11-01	2021-08-20	3.47	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.49	0.51	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7PHP	13424	2021-11-01	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.55	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7RLi	24531	2021-11-03	2021-07-23	3.1	3.39	—	2.6	0.004	0.86	0.0	0.05	16.28	0.01	1.481	17.49	0.00	5.3	94.4	0.3	-1.57	0.88	0.82	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69768	8820	24	0	24	0	0	logfile
✘	7RJE	24486	2021-11-02	2021-07-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57232	3818	24	0	10	0	27924	logfile
✘	7RH6	24456	2021-11-05	2021-07-16	3.5	3.79	—	3.7	0.008	1.39	9.0	0.25	15.10	0.01	1.060	16.09	1.14	7.5	92.2	0.3	-0.59	0.66	0.72	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89469	5901	42	0	64	0	41917	logfile
✘	7RH7	24457	2021-11-05	2021-07-16	3.0	3.06	—	3.2	0.007	1.32	0.0	0.25	14.59	0.01	1.182	16.44	0.00	7.7	92.1	0.2	-0.61	0.55	0.70	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93330	6072	44	0	68	0	44390	logfile
✘	7RH5	24455	2021-11-06	2021-07-16	3.0	3.17	—	3.2	0.008	1.35	1.0	0.25	14.70	0.01	1.180	16.86	0.11	7.7	92.0	0.2	-0.68	0.70	0.81	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48948	6072	43	0	68	0	0	logfile
✘	7FBS	31519	2021-11-01	2021-07-12	3.4	3.24	—	3.2	0.008	0.82	0.0	0.05	15.34	0.01	1.141	18.70	3.06	7.4	92.5	0.1	-3.42	0.59	0.77	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9274	1118	1	0	17	0	0	logfile
✘	7RB2	24392	2021-11-04	2021-07-05	3.27	3.28	—	3.2	0.008	0.74	0.0	0.05	14.45	0.00	2.075	7.65	0.33	5.1	94.9	0.0	-1.06	0.74	0.85	4.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16386	2082	6	0	0	0	0	logfile
✘	7RB0	24391	2021-11-04	2021-07-05	2.98	3.22	—	3.2	0.009	0.76	0.0	0.05	13.45	0.00	2.115	12.75	0.00	4.9	95.1	0.0	-1.42	0.72	0.82	3.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16350	2082	6	0	0	0	0	logfile
✘	7RB9	24400	2021-11-02	2021-07-05	3.76	4.01	3.83	3.9	0.002	0.57	0.0	0.04	14.64	0.00	2.228	9.31	0.00	3.2	96.8	0.0	0.60	0.59	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14193	1786	7	0	6	0	0	logfile
✘	7R88	24311	2021-11-02	2021-06-26	3.5	3.76	—	3.7	0.002	0.45	0.0	0.04	12.49	0.00	2.274	5.25	1.02	3.5	96.5	0.0	-1.50	0.69	0.85	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10787	1368	4	0	0	0	0	logfile
✘	7oY8	13110	2021-11-03	2021-06-23	2.5	2.51	—	2.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.49	0.01	1.197	0.65	0.21	2.4	97.6	0.0	0.49	0.72	0.78	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22902	2293	103	0	68	372	0	logfile

• Page 1 of 26
• next →