Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DL7	27498	2024-11-14	2022-07-07	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6586	909	9	0	4	1	0	logfile
✘	7YES	33776	2024-11-17	2022-07-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.91	—	—	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14679	1863	6	0	1	0	0	logfile
✘	8DH6	27430	2024-11-17	2022-06-25	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12901	1560	16	0	17	0	0	logfile
✘	8A8J	15231	2024-11-14	2022-06-23	3.1	3.35	3.16	3.3	0.005	0.71	0.0	0.04	19.60	0.00	2.009	4.14	0.19	4.4	95.6	0.0	0.13	0.72	0.84	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6159	682	6	38	4	0	0	logfile
✘	8DG4	27407	2024-11-19	2022-06-23	3.12	3.38	3.17	3.4	0.013	1.93	24.0	0.10	13.65	0.01	2.537	0.00	0.15	3.9	96.0	0.1	-2.10	0.68	0.80	3.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52368	3488	8	0	0	0	25920	logfile
✘	8DGJ	27427	2024-11-17	2022-06-23	4.02	4.32	4.05	4.1	0.007	1.24	2.0	0.06	14.25	0.01	2.213	11.07	0.13	7.4	92.3	0.3	-2.71	0.69	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13574	1689	2	0	0	0	0	logfile
✘	7Y80	33676	2024-11-16	2022-06-22	2.71	2.92	2.77	3.0	0.005	0.90	3.0	0.05	20.87	0.01	2.031	8.90	3.77	1.8	98.2	0.0	-1.49	0.59	0.75	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10572	1218	3	35	5	0	0	logfile
✘	8A64	15205	2024-11-14	2022-06-16	4.6	7.63	4.66	4.6	0.008	0.86	0.0	0.06	10.17	0.01	2.112	20.40	0.00	5.8	94.2	0.0	-1.55	0.91	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6737	1354	4	0	3	0	0	logfile
✘	8DBC	27279	2024-11-17	2022-06-14	3.2	3.28	3.24	3.2	0.007	0.77	0.0	0.06	15.09	0.00	2.119	5.93	2.74	3.3	96.7	0.0	0.45	0.65	0.76	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14232	1854	12	0	12	0	0	logfile
✘	8DBK	27287	2024-11-17	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1868	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBN	27291	2024-11-17	2022-06-14	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14244	1824	12	0	24	0	0	logfile
✘	8DBi	27285	2024-11-17	2022-06-14	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14496	1854	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBG	27283	2024-11-17	2022-06-14	2.2	2.20	2.25	2.2	0.007	0.69	0.0	0.05	17.53	0.00	1.958	4.92	1.97	3.4	96.6	0.0	0.54	0.71	0.86	6.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14442	1854	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBE	27281	2024-11-18	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14982	1896	18	0	30	42	0	logfile
✘	8DAQ	27272	2024-11-19	2022-06-13	4.35	4.68	4.29	4.5	0.003	0.56	0.0	0.05	13.37	0.00	1.857	13.50	0.00	5.0	95.0	0.0	-1.37	0.72	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52100	3412	16	0	8	0	25764	logfile
✘	7Y1T	33572	2024-11-15	2022-06-08	3.24	3.67	3.31	3.5	0.003	0.59	0.0	0.09	16.88	0.00	1.998	8.09	0.00	4.1	95.9	0.0	-0.76	0.73	0.75	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8112	1030	10	0	24	0	0	logfile
✘	7Y1F	33562	2024-11-15	2022-06-08	3.3	3.13	3.30	3.3	0.007	1.12	0.0	0.06	13.79	0.01	2.215	9.10	0.00	6.7	93.3	0.0	-2.25	0.55	0.71	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8691	1131	6	0	0	0	0	logfile
✘	8A3B	15110	2024-11-17	2022-06-07	3.1	2.31	2.85	2.9	0.003	0.55	0.0	0.03	14.17	0.00	2.091	4.59	0.00	0.9	99.1	0.0	2.21	0.73	0.72	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14448	1792	7	0	0	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2024-11-14	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	19.55	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	8D67	27219	2024-11-17	2022-06-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.52	—	—	3.08	3.5	0.003	0.54	0.0	0.05	15.40	0.00	2.564	3.68	1.75	5.8	94.2	0.0	-0.24	—	0.69	0.84	2.77	12570	1540	10	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 18 of 38
• next →