Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WYR	37936	2024-11-20	2023-10-31	3.39	3.86	3.60	3.8	0.007	1.05	1.0	0.07	15.72	0.01	2.250	8.31	1.24	6.8	93.2	0.0	-2.76	0.71	0.78	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20612	2629	24	0	14	0	0	logfile
✘	8URU	42501	2024-11-15	2023-10-26	3.7	3.90	3.70	3.9	0.005	0.98	1.0	0.05	21.44	0.01	2.058	21.18	3.21	10.9	88.1	0.9	-2.97	0.70	0.74	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8895	1001	6	43	1	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2024-11-20	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2024-11-14	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8UNo	42411	2024-11-14	2023-10-19	3.3	3.74	3.50	3.7	0.005	0.67	0.0	0.04	13.45	0.00	2.236	5.25	0.17	2.1	97.9	0.0	1.15	0.59	0.82	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6489	894	6	0	2	0	0	logfile
✘	8UMY	42388	2024-11-20	2023-10-18	2.83	3.06	2.93	3.1	0.003	0.63	1.0	0.04	15.23	0.01	2.080	6.09	2.34	2.2	97.8	0.0	-1.84	0.69	0.83	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2647	15	47	9	0	0	logfile
✘	8UN0	42389	2024-11-20	2023-10-18	3.0	3.26	3.12	3.2	0.004	0.80	0.0	0.05	18.78	0.01	2.068	6.27	0.56	3.1	96.9	0.0	-1.93	0.75	0.82	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2647	15	47	9	0	0	logfile
✘	8WSR	37822	2024-11-16	2023-10-17	2.99	2.42	3.08	2.2	0.005	0.82	2.0	0.06	17.39	0.01	1.124	6.73	1.45	2.7	97.3	0.0	-0.22	0.83	0.81	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6475	789	4	0	8	0	0	logfile
✘	8WRD	37774	2024-11-14	2023-10-13	3.05	3.46	3.00	3.4	0.004	0.55	0.0	0.04	15.71	0.00	2.177	4.66	0.14	3.0	97.0	0.0	0.84	0.69	0.84	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6326	830	3	0	0	0	0	logfile
✘	8WPF	37715	2024-11-18	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile
✘	8Uii	42295	2024-11-20	2023-10-10	3.04	3.25	3.10	3.3	0.003	0.76	0.0	0.05	16.55	0.01	2.061	7.23	0.70	2.5	97.5	0.0	-1.06	0.72	0.79	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.23	—	—	—	2.13	21704	2743	13	0	9	0	0	logfile
✘	8QSN	18637	2024-11-14	2023-10-10	3.54	4.23	3.52	4.0	0.002	0.48	0.0	0.03	10.37	0.00	2.269	4.15	3.75	3.5	96.5	0.0	2.22	0.55	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3579	464	1	0	0	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2024-11-18	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2024-11-18	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8WP9	37713	2024-11-20	2023-10-09	2.49	2.89	2.62	2.9	0.005	0.95	0.0	0.06	15.19	0.01	2.315	2.53	1.00	0.9	99.1	0.0	1.51	0.64	0.73	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2.38	—	—	—	2.51	21432	2760	24	0	0	0	0	logfile
✘	8WoZ	37703	2024-11-14	2023-10-08	3.25	2.47	3.32	2.2	0.003	0.70	1.0	0.04	16.32	0.01	2.147	10.00	0.15	5.8	94.2	0.0	-0.58	0.75	0.72	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6244	768	3	0	1	0	0	logfile
✘	8WNS	37671	2024-11-14	2023-10-06	3.42	3.80	3.55	3.7	0.003	0.65	0.0	0.04	16.66	0.00	2.207	10.68	0.39	4.0	96.0	0.0	1.29	0.64	0.77	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7226	924	3	0	4	0	0	logfile
✘	8UG6	42215	2024-11-14	2023-10-05	3.06	2.81	3.01	3.0	0.005	0.66	0.0	0.05	16.57	0.01	2.215	7.06	0.00	2.1	97.9	0.0	1.97	0.44	0.65	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6242	786	2	0	0	0	0	logfile
✘	8QPG	18550	2024-11-17	2023-10-02	2.36	3.26	1.85	3.0	0.008	1.50	15.0	0.11	14.87	0.01	1.825	1.74	0.31	2.5	97.5	0.0	-0.54	0.80	0.92	5.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14550	1920	18	0	24	0	0	logfile
✘	8WK0	37592	2024-11-20	2023-09-26	3.34	3.64	3.55	3.7	0.008	0.66	0.0	0.05	14.37	0.00	1.796	10.43	0.00	8.8	91.2	0.0	-1.53	0.68	0.76	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53711	3486	11	0	10	0	26743	logfile

• ← previous
• Page 6 of 38
• next →