cryo-EM Re-Refine

Table showing results for January 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	8JP0	36465	2024-01-17	2023-06-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5671	719	2	0	1	0	logfile
✘	8PBB	17583	2024-01-20	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	logfile
✘	8P97	17574	2024-01-18	2023-06-05	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	958	3	0	1	0	logfile
✘	8P98	17575	2024-01-18	2023-06-05	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7830	956	3	0	1	0	logfile
✘	8JLR	36405	2024-01-18	2023-06-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8934	1130	6	0	1	0	logfile
✘	8T1o	40973	2024-01-20	2023-06-02	3.3	3.56	3.30	3.5	0.003	0.59	0.0	0.04	14.78	0.00	2.146	8.73	0.00	3.0	96.9	0.1	0.93	0.60	0.69	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13800	1727	6	0	1	0	logfile
✘	8JLK	36400	2024-01-18	2023-06-02	3.22	3.56	3.28	3.6	0.006	0.87	0.0	0.05	14.65	0.01	2.213	11.02	0.95	6.2	93.8	0.0	-0.94	0.61	0.67	0.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8824	1129	6	0	1	0	logfile
✘	8P5W	17455	2024-01-17	2023-05-24	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52656	6714	12	0	18	0	logfile
✘	8P2S	17373	2024-01-18	2023-05-16	2.4	2.06	2.43	1.8	0.003	0.54	0.0	0.04	12.82	0.00	2.120	8.76	3.01	4.7	95.2	0.1	0.29	0.79	0.75	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9694	1201	4	0	6	0	logfile
✘	8J7Z	36054	2024-01-18	2023-04-28	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7088	543	6	0	57	0	logfile
✘	8oUW	17204	2024-01-17	2023-04-25	3.75	3.90	3.25	3.5	0.006	0.91	0.0	0.05	14.71	0.01	2.008	0.19	0.38	2.0	98.0	0.0	0.31	0.81	0.65	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53754	6564	25	67	13	0	logfile
✘	8SL0	40570	2024-01-17	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	logfile
✘	8J4F	35975	2024-01-19	2023-04-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12419	1446	7	0	30	0	logfile
✘	8SHD	40484	2024-01-20	2023-04-13	2.9	3.43	2.96	3.2	0.004	0.54	0.0	0.04	13.80	0.00	1.928	6.69	0.00	3.3	96.7	0.0	1.61	0.84	0.88	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66069	8588	49	0	48	19	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-01-17	2023-04-13	3.3	4.10	3.20	3.9	0.030	1.93	0.0	0.05	28.59	0.00	2.043	8.92	0.28	7.1	92.9	0.0	-1.02	0.73	0.64	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	5	90	1	0	logfile
✘	8J0D	35899	2024-01-19	2023-04-10	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9105	711	8	0	74	0	logfile
✘	8iXL	35795	2024-01-19	2023-04-01	3.5	3.61	3.45	3.6	0.012	1.48	0.0	0.10	11.65	0.00	2.568	2.07	0.00	0.4	99.6	0.0	2.40	0.71	0.84	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10970	1455	35	0	0	0	logfile
✘	8SA5	40265	2024-01-18	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	logfile
✘	8iX0	35785	2024-01-18	2023-03-31	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8iX1	35786	2024-01-18	2023-03-31	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7896	654	6	0	57	0	logfile