cryo-EM Re-Refine

Table showing results for January 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	8iWX	35782	2024-01-18	2023-03-31	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA4	40264	2024-01-17	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5193	0	3	236	1	0	logfile
✘	8SA3	40263	2024-01-18	2023-03-31	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	logfile
✘	8iX2	35787	2024-01-18	2023-03-31	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8iX0	35785	2024-01-18	2023-03-31	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA5	40265	2024-01-18	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	logfile
✘	8iX1	35786	2024-01-18	2023-03-31	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7896	654	6	0	57	0	logfile
✘	8iWZ	35784	2024-01-18	2023-03-31	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8S90	40233	2024-01-20	2023-03-27	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15323	2096	9	0	1	0	logfile
✘	8S9C	40239	2024-01-20	2023-03-27	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13534	1565	10	0	33	20	logfile
✘	8S9B	40238	2024-01-20	2023-03-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13409	1565	10	0	29	30	logfile
✘	8iV8	35746	2024-01-17	2023-03-26	3.92	4.11	3.90	4.1	0.005	0.81	0.0	0.05	15.13	0.01	2.272	5.07	0.74	6.1	93.9	0.0	-3.56	0.58	0.71	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4944	630	6	0	3	0	logfile
✘	8iUM	35726	2024-01-19	2023-03-24	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9955	1270	6	0	1	0	logfile
✘	8oiT	16899	2024-01-19	2023-03-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113095	9412	79	1704	265	0	logfile
✘	8Gi1	40059	2024-01-18	2023-03-13	3.65	3.39	3.63	3.8	0.017	1.44	12.0	0.10	11.69	0.01	1.301	10.30	0.86	4.1	95.9	0.0	1.00	0.61	0.69	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9704	1152	8	0	0	0	logfile
✘	8iLR	35543	2024-01-19	2023-03-04	3.05	3.24	3.08	3.3	0.003	0.45	1.0	0.04	15.95	0.00	1.967	27.72	0.35	4.5	95.5	0.1	0.10	0.73	0.82	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10374	1253	3	0	1	7	logfile
✘	8iJB	35484	2024-01-18	2023-02-27	3.23	3.78	1.14	3.6	0.006	1.54	20.0	0.11	19.14	0.02	1.921	16.10	8.31	8.3	91.4	0.3	-1.26	0.65	0.80	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1136	6	0	1	0	logfile
✘	8iES	35392	2024-01-18	2023-02-15	3.73	4.01	3.68	4.0	0.003	1.16	0.0	0.04	13.70	0.00	2.268	5.19	0.00	6.0	94.0	0.0	-3.84	0.60	0.66	0.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7965	1026	2	0	3	0	logfile
✘	8G5H	29743	2024-01-20	2023-02-13	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15875	1887	19	0	42	0	logfile
✘	8G5G	29742	2024-01-20	2023-02-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15860	1887	19	0	41	0	logfile