Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RQJ	4983	2025-01-20	2019-05-15	3.5	4.14	3.49	3.7	0.006	0.74	0.0	0.11	14.35	0.00	2.041	11.05	0.06	6.9	92.9	0.2	-4.28	0.84	0.75	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14971	1899	6	0	2	0	0	logfile
✘	6oVH	20212	2025-01-17	2019-05-07	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10895	1272	36	0	68	171	0	logfile
✘	6K0A	30036	2025-01-24	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	22.49	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2025-01-20	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	13.18	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	6oRQ	20178	2025-01-23	2019-04-30	4.4	4.71	4.38	4.5	0.008	1.31	0.0	0.08	15.53	0.01	2.039	6.79	1.04	16.3	83.4	0.3	-4.97	0.65	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20176	2430	40	0	83	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2025-01-13	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.94	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	6oMB	20124	2025-01-24	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6RBE	4795	2025-01-23	2019-04-10	3.8	3.81	4.03	5.1	0.007	1.27	0.0	0.06	23.46	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.38	0.09	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	6RBE	4794	2025-01-23	2019-04-10	3.8	4.03	3.73	40.0	0.007	1.27	0.0	0.06	23.46	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.25	0.02	0.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	6JSi	9882	2025-01-20	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	15	0	4044	0	0	logfile
✘	6R94	4768	2025-01-24	2019-04-02	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22443	803	10	290	0	0	10071	logfile
✘	6R93	4767	2025-01-24	2019-04-02	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23009	775	10	290	0	0	10171	logfile
✘	6R3Q	4719	2025-01-16	2019-03-20	3.4	3.77	—	3.5	0.011	1.24	0.0	0.07	12.61	0.01	2.080	5.88	0.58	6.7	93.3	0.0	-3.70	0.79	0.81	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9529	1182	3	0	2	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2025-01-17	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.003	0.70	0.0	0.04	22.63	0.01	2.114	15.71	0.00	7.6	91.9	0.6	-1.73	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	6NUR	0520	2025-01-15	2019-02-01	3.1	3.25	3.17	3.3	0.016	1.55	0.0	0.09	10.59	0.01	2.270	2.28	0.52	1.4	98.6	0.0	-0.12	0.64	0.81	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1087	5	0	2	0	0	logfile
✘	6NT9	0506	2025-01-16	2019-01-28	3.3	3.42	—	3.3	0.010	0.89	0.0	0.06	9.66	0.01	2.250	1.52	0.18	3.5	96.5	0.0	-2.03	0.81	0.86	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9906	1228	4	0	0	0	0	logfile
✘	6JBJ	9791	2025-01-16	2019-01-25	3.6	3.75	—	3.7	0.008	1.04	0.0	0.06	16.77	0.01	2.206	10.64	0.00	9.1	90.9	0.0	-6.19	0.65	0.83	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9166	1130	4	0	2	0	0	logfile
✘	6J9E	9785	2025-01-26	2019-01-22	3.41	3.55	3.48	3.5	0.003	0.61	0.0	0.04	14.74	0.01	2.198	2.44	0.05	3.0	97.0	0.0	-3.74	0.76	0.79	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.09	—	—	—	1.52	24427	3203	11	63	3	0	0	logfile
✘	6J3Z	9776	2025-01-26	2019-01-07	3.6	3.78	—	3.6	0.019	1.82	4.0	0.15	20.86	0.01	1.392	13.61	0.28	4.3	95.7	0.0	-5.08	0.80	0.81	3.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74619	6984	97	0	978	0	0	logfile
✘	6QCM	4508	2025-01-16	2018-12-28	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-6.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52697	6998	60	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 35 of 39
• next →