cryo-EM Re-Refine

Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# H	Logfile
✘	6ND4	0441	2025-01-20	2018-12-13	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63993	9225	37	551	1306	0	logfile
✘	6N9W	0381	2025-01-23	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19576	2410	15	30	12	0	logfile
✘	6N9U	0379	2025-01-16	2018-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1063	7	18	4	0	logfile
✘	6N9X	0382	2025-01-23	2018-12-04	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	logfile
✘	6N9V	0380	2025-01-24	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21526	2651	15	33	14	0	logfile
✘	6N7W	0365	2025-01-15	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	logfile
✘	6iQW	9708	2025-01-21	2018-11-09	3.35	3.98	—	3.9	0.007	1.05	1.0	0.06	16.46	0.01	1.757	8.27	0.35	13.5	86.1	0.4	-4.93	0.60	0.74	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16935	2073	8	24	1	0	logfile
✘	6i1X	0326	2025-01-16	2018-10-30	3.7	3.83	—	3.8	0.013	1.81	34.0	0.10	14.94	0.01	0.818	50.06	4.35	7.5	90.6	1.9	-3.51	0.50	0.32	0.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54915	7290	15	0	0	0	logfile
✘	6HZ5	0311	2025-01-21	2018-10-22	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	33440	logfile
✘	6HZ9	0315	2025-01-22	2018-10-22	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	33440	logfile
✘	6HZ6	0312	2025-01-21	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	33440	logfile
✘	6HZ8	0314	2025-01-21	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	33440	logfile
✘	6HZ7	0313	2025-01-22	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	33440	logfile
✘	6MP6	9187	2025-01-16	2018-10-05	3.54	4.04	3.81	4.0	0.006	1.10	0.0	0.06	10.39	0.01	2.439	3.39	0.00	7.9	92.1	0.0	-6.02	0.70	0.81	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9939	1338	6	0	3	0	logfile
✘	6MN7	9166	2025-01-24	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	logfile
✘	6HRE	0259	2025-01-13	2018-09-26	3.2	2.74	2.87	3.3	0.019	1.47	0.0	0.11	13.34	0.01	2.474	6.01	0.00	12.0	88.0	0.0	-4.17	0.32	0.80	4.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3522	462	6	0	0	0	logfile
✘	6EF0	9042	2025-01-26	2018-08-15	4.43	3.84	—	4.1	0.011	1.07	0.0	0.06	13.02	0.01	2.089	8.55	0.00	16.8	83.2	0.0	-5.24	0.62	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24748	3318	20	0	6	0	logfile
✘	6H25	0128	2025-01-24	2018-07-13	3.8	3.89	—	3.9	0.006	1.10	1.0	0.06	11.14	0.01	1.101	12.90	1.51	5.7	93.9	0.4	-2.77	0.49	0.63	1.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22138	2971	12	6	0	0	logfile
✘	6DDE	7868	2025-01-15	2018-05-10	3.5	4.11	—	4.1	0.006	1.03	0.0	0.06	10.87	0.01	2.242	6.97	0.46	6.9	93.0	0.1	-3.56	0.72	0.74	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8489	1122	8	0	2	0	logfile
✘	6G90	4364	2025-01-20	2018-04-10	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65050	6796	48	474	223	0	logfile