Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6CUD	7620	2025-01-24	2018-03-25	3.3	3.61	—	3.5	0.007	1.13	0.0	0.06	14.71	0.02	2.049	6.98	1.47	4.4	95.5	0.1	-3.04	0.71	0.83	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21028	2816	8	0	12	0	0	logfile
✘	6CNo	7539	2025-01-20	2018-03-08	4.7	4.91	—	4.8	0.006	1.03	0.0	0.05	9.24	0.01	1.936	5.57	0.26	3.5	96.5	0.0	-2.70	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15428	2024	12	0	12	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2025-01-24	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	5ZCS	6913	2025-01-15	2018-02-20	4.9	5.50	—	6.9	0.003	0.77	0.0	0.05	9.66	0.01	2.281	3.31	0.05	5.6	94.3	0.1	-5.28	0.85	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49176	6644	10	0	278	0	0	logfile
✘	6CAJ	7442	2025-01-26	2018-01-31	2.8	2.84	—	4.2	0.008	0.88	0.0	0.17	10.48	0.01	1.467	5.88	0.24	4.5	95.5	0.0	-3.63	0.33	0.15	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24295	3210	11	0	1	0	0	logfile
✘	6C4H	7340	2025-01-20	2018-01-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15326	184	8	648	34	0	0	logfile
✘	6C14	7328	2025-01-16	2018-01-03	4.5	4.15	—	4.0	0.005	1.04	0.0	0.06	9.46	0.01	2.263	5.29	0.27	6.8	93.2	0.0	-4.44	0.55	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6746	860	4	0	0	0	0	logfile
✘	6Bo8	7120	2025-01-22	2017-11-18	3.6	3.64	—	3.6	0.008	1.19	0.0	0.06	10.83	0.01	2.286	7.28	0.97	11.0	89.0	0.0	-4.49	0.56	0.62	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19048	2372	4	0	0	0	0	logfile
✘	6BNP	7116	2025-01-17	2017-11-17	4.6	4.61	3.78	4.4	0.015	2.10	24.0	0.11	16.18	0.02	1.814	0.55	1.80	8.3	90.3	1.3	-3.94	0.48	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56792	7160	22	0	16	0	0	logfile
✘	6EZo	4162	2025-01-22	2017-11-16	4.1	4.20	4.05	4.2	0.008	1.36	4.0	0.09	10.35	0.01	1.569	8.78	3.41	18.5	80.8	0.8	-5.42	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18758	3367	11	0	1	0	0	logfile
✘	5YKG	6833	2025-01-15	2017-10-14	4.57	4.68	4.39	4.4	0.005	0.71	4.0	0.04	13.81	0.01	2.031	13.33	7.90	4.2	95.6	0.1	-2.42	0.73	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50868	6536	16	0	12	0	0	logfile
✘	6B5V	7058	2025-01-23	2017-09-29	4.8	4.85	—	4.8	0.008	1.23	0.0	0.06	14.29	0.01	2.333	9.06	3.55	5.9	94.1	0.0	-4.79	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18933	2356	8	0	5	0	0	logfile
✘	5BK4	9400	2025-01-19	2017-09-12	3.9	4.14	—	4.1	0.008	1.24	0.0	0.06	14.59	0.01	2.234	5.12	1.24	12.2	87.6	0.2	-4.81	0.81	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62482	7636	22	120	8	0	0	logfile
✘	6AZ1	7024	2025-01-26	2017-09-09	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80594	4810	66	2001	30	262	0	logfile
✘	5XYi	6788	2025-01-20	2017-07-08	3.35	3.41	—	3.4	0.007	1.11	5.0	0.09	22.95	0.00	1.113	14.15	5.14	8.3	89.0	2.7	-3.65	0.63	0.70	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65924	4368	34	1490	0	0	0	logfile
✘	5NUG	3698	2025-01-13	2017-04-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46232	5840	4	0	10	0	0	logfile
✘	5N9Y	3605	2025-01-18	2017-02-27	4.2	4.37	—	4.2	0.008	1.29	0.0	0.07	12.87	0.01	2.233	12.59	2.02	8.3	91.7	0.0	-5.18	0.79	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12835	1635	5	0	0	0	0	logfile
✘	5X58	6703	2025-01-26	2017-02-15	3.2	3.40	—	3.4	0.007	1.17	0.0	0.07	14.96	0.01	2.011	5.28	0.44	9.2	90.8	0.0	-4.64	0.68	0.79	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25265	3159	6	0	42	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2025-01-13	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	5U4J	8506	2025-01-18	2016-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11360	524	10	339	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 37 of 39
• next →