Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QQZ	18609	2025-01-18	2023-10-06	2.63	2.79	2.65	2.8	0.013	1.53	0.0	0.08	15.82	0.02	2.182	4.98	2.34	0.8	99.2	0.0	-1.99	0.72	0.90	4.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11871	1360	15	0	56	195	0	logfile
✘	8WM3	37639	2025-01-24	2023-10-02	3.34	4.50	3.37	3.7	0.006	0.79	0.0	0.05	19.23	0.02	2.169	8.51	0.91	4.1	95.9	0.0	0.99	0.74	0.85	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21616	2642	20	0	30	0	0	logfile
✘	8WJQ	37589	2025-01-13	2023-09-26	3.8	4.16	3.84	4.3	0.010	1.47	1.0	0.07	15.62	0.02	2.216	9.81	0.48	3.6	96.4	0.0	0.80	0.41	0.60	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3999	530	2	0	1	0	0	logfile
✘	8WiX	37571	2025-01-20	2023-09-25	2.29	2.42	2.29	2.4	0.015	1.75	0.0	0.10	18.64	0.02	0.000	8.78	9.17	2.8	96.8	0.4	-1.63	0.58	0.74	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14940	1722	36	0	24	702	0	logfile
✘	8WJG	37579	2025-01-13	2023-09-25	3.0	3.18	2.87	3.3	0.005	1.21	0.0	0.06	15.28	0.01	2.211	6.71	2.03	2.6	97.4	0.0	0.84	0.51	0.73	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3952	533	1	0	0	0	0	logfile
✘	8UBX	42108	2025-01-14	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8WJ2	37576	2025-01-20	2023-09-25	2.35	2.51	2.35	2.6	0.015	1.95	12.0	0.10	18.14	0.03	0.000	8.58	11.26	2.1	97.5	0.4	-2.08	0.58	0.73	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14844	1722	36	0	12	1176	0	logfile
✘	8UBW	42107	2025-01-14	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8WJ0	37574	2025-01-19	2023-09-25	2.24	2.40	2.24	2.5	0.015	1.72	18.0	0.10	18.81	0.03	0.000	12.28	13.66	1.1	98.9	0.0	-1.94	0.57	0.71	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14370	1698	36	0	24	888	0	logfile
✘	8WiY	37572	2025-01-20	2023-09-25	2.31	2.56	2.31	2.6	0.014	1.72	0.0	0.10	19.56	0.02	0.000	10.57	11.25	2.5	97.5	0.0	-1.41	0.56	0.70	4.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15486	1722	36	0	24	1248	0	logfile
✘	8WiZ	37573	2025-01-20	2023-09-25	2.2	2.38	2.23	2.4	0.015	1.78	6.0	0.10	20.31	0.03	0.000	13.55	10.83	2.8	97.2	0.0	-1.91	0.59	0.73	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15306	1722	36	0	18	1068	0	logfile
✘	8WJ1	37575	2025-01-19	2023-09-25	2.27	2.40	2.29	2.5	0.015	1.77	12.0	0.10	18.98	0.03	0.000	10.88	14.10	1.1	98.6	0.4	-1.89	0.56	0.71	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14196	1698	36	0	24	738	0	logfile
✘	8WFS	37498	2025-01-15	2023-09-20	3.36	2.57	3.39	2.2	0.005	0.87	0.0	0.05	19.14	0.01	2.261	13.55	0.94	5.8	94.2	0.0	-1.77	0.73	0.75	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6274	808	13	0	14	0	0	logfile
✘	8WG9	37506	2025-01-18	2023-09-20	4.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11806	1511	3	0	1	0	0	logfile
✘	8WDY	37467	2025-01-18	2023-09-16	2.69	2.29	2.80	2.1	0.004	0.76	0.0	0.05	14.72	0.01	2.000	5.79	1.44	3.8	96.1	0.1	0.26	0.80	0.80	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6548	791	6	0	11	0	0	logfile
✘	8WCR	37447	2025-01-20	2023-09-13	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14615	1560	15	0	50	270	0	logfile
✘	8U54	41912	2025-01-17	2023-09-12	2.65	3.71	2.66	3.5	0.006	0.79	0.0	0.05	12.07	0.01	2.221	3.48	0.17	3.6	96.4	0.0	-1.34	0.61	0.67	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10745	1359	4	0	2	0	0	logfile
✘	8WBG	37424	2025-01-17	2023-09-09	3.2	3.51	3.33	3.6	0.003	0.58	0.0	0.04	13.02	0.00	2.197	6.61	0.17	5.0	94.9	0.1	-1.10	0.64	0.77	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10854	1357	4	0	0	0	0	logfile
✘	8QHP	18415	2025-01-14	2023-09-08	2.8	3.49	2.82	3.3	0.002	0.38	0.0	0.04	11.64	0.00	2.176	6.09	0.00	1.0	99.0	0.0	1.77	0.76	0.86	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6788	820	4	0	2	0	0	logfile
✘	8QHC	18407	2025-01-20	2023-09-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14829	1764	5	61	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 39
• next →