cryo-EM Re-Refine

Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8ED9	28033	2024-02-21	2022-09-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	8ED8	28032	2024-02-21	2022-09-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	8GRX	34216	2024-02-14	2022-09-02	3.0	3.20	2.99	3.2	0.007	1.26	0.0	0.05	12.30	0.00	2.373	6.41	0.22	3.5	96.2	0.4	-0.43	0.72	0.81	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8328	1056	4	0	0	0	0	logfile
✘	8AXN	15702	2024-02-21	2022-08-31	3.34	3.51	3.30	3.5	0.003	0.58	0.0	0.04	9.93	0.00	2.125	6.78	3.52	5.4	94.6	0.0	-0.25	0.76	0.84	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94656	11704	64	0	0	0	0	logfile
✘	8EAF	27974	2024-02-20	2022-08-29	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	8EAo	27792	2024-02-18	2022-08-29	3.2	4.04	3.15	20.0	0.003	0.60	0.0	0.05	14.09	0.00	2.197	10.56	0.10	3.6	96.4	0.0	1.03	0.18	0.04	-0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71628	8964	24	0	0	0	0	logfile
✘	8EAH	27976	2024-02-20	2022-08-29	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	8EAJ	27978	2024-02-20	2022-08-29	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	8EAL	27980	2024-02-20	2022-08-29	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	8AVC	15678	2024-02-21	2022-08-26	4.6	5.35	5.50	4.6	0.004	0.80	1.0	0.05	12.05	0.01	1.931	18.34	0.00	4.3	95.4	0.3	-0.17	0.81	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17505	2199	9	0	3	0	0	logfile
✘	8E9B	27962	2024-02-23	2022-08-26	3.5	3.16	3.52	3.4	0.004	0.71	1.0	0.05	15.39	0.01	2.023	10.91	0.24	5.2	94.7	0.1	0.07	0.74	0.77	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39160	4933	25	0	20	0	0	logfile
✘	8E9H	27964	2024-02-23	2022-08-26	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36670	5058	22	0	14	0	0	logfile
✘	8E9i	27965	2024-02-22	2022-08-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35471	5048	22	0	14	0	0	logfile
✘	8E9G	27963	2024-02-23	2022-08-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35941	5051	22	0	15	0	0	logfile
✘	8E97	27958	2024-02-18	2022-08-26	4.19	3.55	4.21	3.4	0.007	1.06	6.0	0.07	14.17	0.01	1.822	12.52	1.35	13.4	85.9	0.7	-5.58	0.60	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20374	3074	10	0	15	0	0	logfile
✘	8AUV	15674	2024-02-18	2022-08-25	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	131912	4773	72	1638	130	2372	56307	logfile
✘	8E70	27932	2024-02-18	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	8E6W	27928	2024-02-18	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	8ASP	15621	2024-02-19	2022-08-20	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24596	2230	20	0	134	0	0	logfile
✘	7YVU	34138	2024-02-14	2022-08-19	3.2	2.47	3.22	2.2	0.004	0.64	0.0	0.05	14.81	0.01	2.103	6.82	0.29	5.5	94.0	0.5	-0.60	0.76	0.80	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6456	791	4	0	4	0	0	logfile