Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8ERA	28551	2024-02-20	2022-10-11	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29054	3644	6	0	2	0	0	logfile
✘	8EQM	28539	2024-02-24	2022-10-08	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42502	4678	74	0	132	590	0	logfile
✘	8B9J	15933	2024-02-15	2022-10-06	3.45	4.21	3.53	3.9	0.005	1.37	0.0	0.05	17.47	0.02	2.019	13.74	1.18	7.2	92.1	0.7	-0.47	0.83	0.73	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6879	864	2	0	3	0	0	logfile
✘	8EP0	28494	2024-02-19	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	8EoS	28466	2024-02-19	2022-10-04	3.1	3.84	3.11	3.5	0.005	0.57	0.0	0.04	15.24	0.00	1.840	20.11	3.59	5.2	94.7	0.2	-0.81	0.90	0.89	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25606	3069	11	87	5	0	0	logfile
✘	8H0P	34413	2024-02-14	2022-09-30	3.15	2.98	3.14	3.2	0.001	0.40	0.0	0.04	7.54	0.00	2.208	5.68	0.10	1.2	98.8	0.0	-2.49	0.52	0.65	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8932	1137	6	0	0	0	0	logfile
✘	8H0V	34415	2024-02-24	2022-09-30	3.8	4.36	3.67	3.0	0.006	0.87	0.0	0.05	21.46	0.01	1.954	10.09	0.05	3.8	96.1	0.1	-0.59	0.82	0.61	0.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46571	4766	30	425	9	0	0	logfile
✘	8H0Q	34414	2024-02-14	2022-09-30	3.3	3.78	3.20	3.7	0.019	0.59	0.0	0.09	9.28	0.00	2.260	7.81	0.62	1.0	99.0	0.0	-1.95	0.63	0.72	0.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8949	1134	7	0	3	0	0	logfile
✘	8GZH	34398	2024-02-25	2022-09-27	2.96	2.59	2.95	2.8	0.004	0.77	0.0	0.05	16.76	0.01	1.845	3.46	0.14	4.6	95.4	0.0	-3.25	0.73	0.77	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30339	3693	13	104	5	0	0	logfile
✘	8B6C	15863	2024-02-21	2022-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139959	6963	61	3890	184	0	0	logfile
✘	8B5L	15860	2024-02-24	2022-09-23	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145148	7621	64	3890	183	0	0	logfile
✘	8EKW	28214	2024-02-20	2022-09-22	2.83	3.09	2.98	3.1	0.006	0.66	3.0	0.05	13.69	0.01	2.207	4.83	0.26	3.2	96.8	0.0	0.13	0.70	0.82	4.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14552	1760	20	0	0	402	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-02-18	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8GWA	34307	2024-02-23	2022-09-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37660	4006	27	0	160	0	0	logfile
✘	8EFB	28077	2024-02-14	2022-09-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8947	1136	6	0	1	0	0	logfile
✘	8EEU	28058	2024-02-17	2022-09-07	3.5	2.35	3.42	2.2	0.012	0.94	0.0	0.05	9.27	0.01	1.997	4.04	0.05	10.9	88.9	0.2	-4.71	0.69	0.74	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19127	2471	8	0	0	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2024-02-19	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-02-13	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8AZS	15770	2024-02-14	2022-09-06	2.9	2.78	2.55	2.8	0.011	1.50	0.0	0.12	16.09	0.01	0.017	1346.55	0.00	3.1	96.9	0.0	-1.98	0.27	0.40	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9036	1224	36	0	0	0	0	logfile
✘	8AZ0	15728	2024-02-13	2022-09-05	3.4	3.10	3.36	3.6	0.006	0.74	0.0	0.05	8.05	0.01	2.611	0.94	0.00	7.7	92.3	0.0	-4.46	0.50	0.87	5.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2180	280	10	0	10	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 46
• next →