Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XZR	10666	2024-02-15	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6VQQ	21354	2024-02-15	2020-02-05	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.82	—	—	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10987	1399	5	0	0	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2024-02-15	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZG	10662	2024-02-15	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6VPV	21320	2024-02-20	2020-02-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72192	6753	60	0	384	0	0	logfile
✘	6VoH	21264	2024-02-23	2020-01-30	4.16	3.96	—	4.0	0.005	0.99	0.0	0.05	15.67	0.01	2.172	14.16	0.49	7.7	92.0	0.3	-3.96	0.70	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39159	5193	31	0	5	0	0	logfile
✘	6VoL	21268	2024-02-23	2020-01-30	4.06	3.45	—	3.4	0.005	0.89	0.0	0.05	15.39	0.01	2.148	12.59	0.12	5.2	94.7	0.1	-3.18	0.74	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38991	5165	32	0	7	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2024-02-15	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.471	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	6VM3	21237	2024-02-16	2020-01-27	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15180	1810	15	0	15	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2024-02-16	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.647	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	6LU8	0978	2024-02-23	2020-01-26	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	143909	7778	66	3753	247	16	0	logfile
✘	6XWR	10636	2024-02-14	2020-01-24	3.22	3.96	—	3.7	0.008	0.75	0.0	0.05	12.81	0.00	2.122	11.13	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.71	0.74	0.85	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9564	1278	3	0	0	0	0	logfile
✘	6VL6	21231	2024-02-18	2020-01-22	4.6	5.00	4.54	4.6	0.019	1.46	0.0	0.09	11.38	0.01	2.431	0.59	0.00	0.9	99.1	0.0	0.45	0.87	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21504	2640	24	0	0	0	0	logfile
✘	6VL5	21230	2024-02-16	2020-01-22	4.5	4.57	4.20	4.4	0.019	1.72	0.0	0.10	11.99	0.01	2.242	0.64	0.20	1.2	98.8	0.0	0.88	0.79	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15039	1719	42	0	105	0	0	logfile
✘	6LSR	0963	2024-02-22	2020-01-20	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141172	7581	57	3757	246	7	0	logfile
✘	6LSS	0964	2024-02-21	2020-01-20	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140545	7369	67	3750	250	16	0	logfile
✘	6LQM	0948	2024-02-21	2020-01-14	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139464	7108	53	3808	251	0	0	logfile
✘	6VFi	21173	2024-02-14	2020-01-05	4.54	4.63	4.96	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.449	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58488	7560	48	0	0	0	0	logfile
✘	6LMK	0917	2024-02-14	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.02	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	0	0	logfile
✘	6TRA	10557	2024-02-19	2019-12-18	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25197	2283	33	0	134	217	0	logfile

• ← previous
• Page 33 of 46
• next →