Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6WB8	21586	2024-02-16	2020-03-26	3.24	3.55	—	3.5	0.011	0.91	0.0	0.05	8.89	0.00	2.124	16.94	0.00	5.9	93.9	0.2	-3.70	0.73	0.79	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14888	1852	8	0	12	0	0	logfile
✘	7BR7	30158	2024-02-18	2020-03-26	4.3	3.99	—	4.0	0.006	0.94	0.0	0.06	15.20	0.01	1.573	8.92	0.70	6.8	93.2	0.0	-4.57	0.44	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73138	9263	21	0	0	0	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2024-02-23	2020-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	0	logfile
✘	6YEF	10791	2024-02-22	2020-03-24	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141837	5351	60	4639	288	0	0	logfile
✘	7BPA	30149	2024-02-22	2020-03-21	3.3	3.57	—	3.5	0.009	1.25	0.0	0.07	14.11	0.01	2.169	3.82	0.03	5.8	94.2	0.0	-3.01	0.75	0.83	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35370	4452	12	0	12	0	0	logfile
✘	6W64	21552	2024-02-14	2020-03-16	3.9	4.06	—	4.0	0.003	0.58	0.0	0.04	16.24	0.00	2.196	9.67	1.29	7.0	92.9	0.1	0.30	0.74	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8505	928	3	56	0	0	0	logfile
✘	6YBA	10768	2024-02-22	2020-03-16	4.0	4.06	—	4.0	0.007	1.21	0.0	0.06	11.33	0.01	2.216	8.73	0.60	14.7	85.2	0.1	-4.78	0.43	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98037	12388	26	0	0	0	0	logfile
✘	6YAC	10746	2024-02-23	2020-03-12	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38469	3332	45	0	243	56	0	logfile
✘	6M5U	30093	2024-02-14	2020-03-11	3.8	3.78	—	3.8	0.007	0.86	1.0	0.05	16.07	0.00	2.210	18.52	5.59	9.0	90.8	0.2	-3.03	0.62	0.81	1.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10549	1359	5	0	5	0	0	logfile
✘	6W17	21502	2024-02-20	2020-03-03	3.9	3.99	3.93	3.9	0.003	0.59	0.0	0.04	13.38	0.00	1.894	5.87	0.00	4.9	95.1	0.0	-3.15	0.87	0.82	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27396	3518	23	0	12	0	0	logfile
✘	6VYH	21460	2024-02-13	2020-02-26	3.0	3.13	—	3.1	0.013	1.11	1.0	0.06	14.40	0.01	1.922	11.42	2.00	8.8	90.0	1.2	-4.54	0.66	0.81	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6093	860	5	0	2	1	0	logfile
✘	6M1D	30041	2024-02-18	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	6VY2	21456	2024-02-18	2020-02-25	4.86	6.05	—	5.2	0.007	1.11	0.0	0.08	22.30	0.00	2.056	18.44	4.96	5.7	93.8	0.5	-2.41	0.82	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	2442	66	0	180	0	0	logfile
✘	6Y5R	10703	2024-02-15	2020-02-25	3.76	3.87	3.73	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	12.77	0.00	2.147	7.90	0.07	4.4	95.6	0.0	-2.26	0.68	0.85	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13592	1758	6	0	8	0	0	logfile
✘	6Y5A	10692	2024-02-21	2020-02-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32403	1940	10	0	5	0	16272	logfile
✘	6VVY	21407	2024-02-21	2020-02-18	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	0	logfile
✘	6VVX	21406	2024-02-21	2020-02-18	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29858	3508	12	128	4	0	0	logfile
✘	6VVZ	21408	2024-02-21	2020-02-18	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29860	3508	12	127	4	0	0	logfile
✘	6LY5	30012	2024-02-19	2020-02-13	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81344	6510	76	0	723	153	0	logfile
✘	6XZR	10666	2024-02-15	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile

• ← previous
• Page 32 of 46
• next →