Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XKU	22225	2024-02-15	2020-06-27	4.2	4.32	—	4.2	0.009	1.00	1.0	0.07	13.80	0.01	1.987	25.66	0.16	16.5	83.2	0.4	-4.29	0.75	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2024-02-15	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	6XKJ	22219	2024-02-15	2020-06-26	3.54	3.39	—	3.4	0.009	0.83	0.0	0.05	14.92	0.00	2.246	12.86	0.00	2.4	97.6	0.0	0.54	0.62	0.85	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11056	1360	16	0	0	0	0	logfile
✘	6XiS	22199	2024-02-17	2020-06-21	3.9	4.13	—	4.0	0.009	1.33	0.0	0.08	13.73	0.01	2.225	14.51	3.19	1.8	97.9	0.3	0.47	0.62	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9436	1240	4	0	0	0	0	logfile
✘	6ZGK	11209	2024-02-15	2020-06-18	3.6	3.77	3.64	3.8	0.006	0.68	0.0	0.05	12.30	0.01	2.111	7.47	0.00	6.6	93.4	0.0	-0.58	0.50	0.54	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11630	1535	5	0	0	0	0	logfile
✘	6ZDG	11173	2024-02-20	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.50	0.0	0.04	9.08	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	6Z5S	11081	2024-02-18	2020-05-27	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22794	2214	66	0	91	10	0	logfile
✘	6X6A	22074	2024-02-18	2020-05-27	3.6	3.58	—	3.4	0.010	1.29	0.0	0.08	14.43	0.01	2.206	13.75	0.45	7.5	92.4	0.1	-2.80	0.86	0.83	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20240	2524	8	0	0	0	0	logfile
✘	6X67	22072	2024-02-15	2020-05-27	3.47	3.79	—	3.7	0.015	1.84	8.0	0.10	21.59	0.01	2.028	8.90	0.23	4.6	94.5	0.8	-0.81	0.74	0.82	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10984	956	10	160	8	0	0	logfile
✘	6Z5R	11080	2024-02-19	2020-05-27	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25048	2336	72	0	105	3	0	logfile
✘	7C7S	30301	2024-02-15	2020-05-26	2.9	2.38	—	1.8	0.006	0.78	0.0	0.05	13.96	0.01	2.153	7.86	0.00	3.7	96.3	0.0	-2.62	0.83	0.80	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10915	1355	4	0	9	0	0	logfile
✘	7C77	30294	2024-02-14	2020-05-23	3.3	3.60	—	3.8	0.003	0.67	0.0	0.04	16.65	0.00	2.209	9.34	1.88	5.0	94.9	0.1	-2.63	0.58	0.75	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9762	1183	9	0	20	0	0	logfile
✘	6X36	22019	2024-02-22	2020-05-21	4.7	4.72	5.52	4.6	0.002	0.53	0.0	0.03	10.40	0.00	2.228	5.80	0.00	2.2	97.8	0.0	0.96	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	100164	13692	12	0	1376	0	0	logfile
✘	6Z3R	11063	2024-02-22	2020-05-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35481	2509	6	0	131	0	16494	logfile
✘	6Z2X	11051	2024-02-24	2020-05-18	3.2	3.69	—	3.6	0.007	1.10	0.0	0.06	11.80	0.01	2.101	5.58	0.46	8.2	91.8	0.0	-4.50	0.65	0.79	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46604	5766	6	0	8	0	0	logfile
✘	6WW7	21929	2024-02-16	2020-05-08	3.4	3.55	3.33	3.5	0.005	0.58	0.0	0.04	15.89	0.00	2.145	6.99	2.92	2.9	97.1	0.0	-2.34	0.76	0.84	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16576	2060	13	0	20	0	0	logfile
✘	6WJV	21701	2024-02-17	2020-04-14	3.5	3.60	—	3.5	0.009	1.66	1.0	0.08	15.51	0.01	1.466	5.97	0.05	7.2	92.8	0.0	-5.50	0.75	0.66	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19593	2567	5	0	1	0	0	logfile
✘	6WHR	21673	2024-02-19	2020-04-08	3.99	4.51	—	4.3	0.015	1.23	0.0	0.07	17.34	0.01	1.968	30.82	2.94	21.2	78.0	0.8	-5.90	0.69	0.73	1.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23370	3166	10	0	14	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2024-02-17	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6WDR	21644	2024-02-18	2020-04-01	3.7	3.72	—	3.4	0.013	1.27	2.0	0.07	23.90	0.01	2.181	8.79	1.35	11.7	88.2	0.1	-5.01	0.85	0.81	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74473	4984	32	1647	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 31 of 46
• next →