Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6SYT	10347	2024-02-17	2019-10-01	3.45	3.54	—	3.5	0.018	1.23	0.0	0.16	11.02	0.01	1.903	3.04	0.13	7.5	92.4	0.1	-5.37	0.69	0.81	4.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18369	2369	5	0	216	0	0	logfile
✘	6SWC	10322	2024-02-17	2019-09-20	3.3	4.36	3.31	3.3	0.015	0.97	0.0	0.05	22.29	0.04	1.823	9.66	0.13	13.4	86.6	0.0	-5.19	0.83	0.72	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	48	1593	41	42	0	logfile
✘	6SW9	10320	2024-02-17	2019-09-20	4.2	5.88	4.46	3.0	0.016	1.26	0.0	0.06	23.61	0.04	1.769	31.76	0.80	19.0	80.8	0.2	-5.60	0.85	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	47	1593	41	42	0	logfile
✘	6UD3	20731	2024-02-16	2019-09-18	3.5	4.06	3.46	3.8	0.018	1.60	0.0	0.11	12.05	0.01	2.293	7.45	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.90	0.79	0.78	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14346	1765	10	0	6	0	0	logfile
✘	6UC2	20725	2024-02-20	2019-09-13	4.48	5.01	4.26	4.8	0.016	1.93	0.0	0.08	20.47	0.01	2.208	11.97	14.82	7.6	92.4	0.0	-4.41	0.61	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28408	3624	16	0	24	0	0	logfile
✘	6KXS	0782	2024-02-18	2019-09-12	3.4	3.50	—	3.4	0.018	1.44	0.0	0.09	15.96	0.01	2.157	9.00	3.30	15.2	84.4	0.4	-4.73	0.70	0.72	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22499	2869	23	0	12	0	0	logfile
✘	6U9V	20702	2024-02-20	2019-09-09	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26701	1680	15	3	54	0	12634	logfile
✘	6U9W	20703	2024-02-20	2019-09-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26919	1686	12	3	42	0	12885	logfile
✘	6KUP	9579	2024-02-15	2019-09-02	4.3	4.37	—	4.3	0.004	0.81	0.0	0.05	11.44	0.01	2.227	6.50	0.16	7.1	92.6	0.2	-4.90	0.71	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12254	1461	5	23	0	0	0	logfile
✘	6U5R	20653	2024-02-16	2019-08-28	3.6	3.71	—	3.6	0.011	0.96	0.0	0.06	14.54	0.01	1.768	5.21	0.23	6.2	93.8	0.0	-4.18	0.73	0.85	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16516	2156	24	0	8	8	0	logfile
✘	6U5K	20648	2024-02-13	2019-08-27	3.5	3.54	—	3.5	0.005	0.78	0.0	0.05	12.14	0.01	2.210	5.29	3.00	7.0	93.0	0.0	-5.23	0.53	0.83	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110106	14520	54	0	0	0	0	logfile
✘	6SML	10243	2024-02-24	2019-08-22	3.4	3.43	—	3.4	0.009	1.02	0.0	0.06	14.67	0.01	2.243	3.62	0.09	6.7	93.3	0.1	-3.42	0.74	0.83	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22152	2810	8	0	4	0	0	logfile
✘	6SKY	10231	2024-02-18	2019-08-16	2.8	2.95	—	3.0	0.009	0.69	0.0	0.05	13.86	0.00	2.077	5.03	3.63	4.2	95.8	0.0	-2.12	0.75	0.85	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22348	2824	4	0	4	0	0	logfile
✘	6KPH	0746	2024-02-15	2019-08-15	2.41	3.45	—	3.2	0.014	1.03	0.0	0.15	14.48	0.00	1.838	8.27	0.00	8.5	91.5	0.0	-4.25	0.81	0.85	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62832	3936	24	0	48	0	31212	logfile
✘	6KPJ	0748	2024-02-15	2019-08-15	2.56	3.82	—	3.3	0.014	0.94	0.0	0.06	13.40	0.00	1.218	8.38	0.00	6.7	93.3	0.0	-4.33	0.85	0.86	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62845	3936	24	0	48	0	31225	logfile
✘	6U0M	20607	2024-02-24	2019-08-14	3.9	4.53	—	4.3	0.005	1.05	2.0	0.06	16.86	0.01	2.211	9.80	0.47	13.2	86.7	0.2	-5.28	0.81	0.63	-0.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41146	5105	16	34	3	0	0	logfile
✘	6U0N	20608	2024-02-17	2019-08-14	3.5	3.79	—	3.6	0.008	0.91	0.0	0.06	15.22	0.01	2.242	6.72	0.56	9.6	90.3	0.1	-5.29	0.79	0.83	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19322	2489	23	0	43	0	0	logfile
✘	6KNG	0731	2024-02-13	2019-08-05	2.85	3.15	—	3.1	0.005	0.65	0.0	0.05	14.34	0.00	2.093	4.97	3.68	0.9	99.1	0.0	-2.31	0.83	0.91	4.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7749	1002	6	0	6	0	0	logfile
✘	6KN8	0729	2024-02-14	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	6SG9	10175	2024-02-13	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104694	11989	60	146	837	3	0	logfile

• ← previous
• Page 35 of 46
• next →