Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6KN8	0729	2024-02-14	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	6PZT	20537	2024-02-13	2019-08-01	3.46	3.91	3.76	3.8	0.007	0.75	0.0	0.05	11.59	0.00	2.120	16.50	0.43	12.3	87.7	0.0	-3.13	0.59	0.76	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6062	932	2	0	0	0	0	logfile
✘	6KLS	0716	2024-02-15	2019-07-30	3.3	3.40	3.21	3.4	0.014	1.22	2.0	0.05	18.65	0.03	1.992	14.52	0.69	10.7	89.2	0.1	-3.67	0.66	0.77	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13011	1530	12	0	17	0	0	logfile
✘	6PXV	20522	2024-02-17	2019-07-27	3.2	3.81	—	3.3	0.010	1.39	8.0	0.09	10.11	0.01	2.127	8.05	0.36	9.3	89.1	1.6	-3.83	0.77	0.74	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14774	1830	6	0	0	0	0	logfile
✘	6SD3	10147	2024-02-15	2019-07-26	3.3	3.67	—	3.2	0.008	0.84	19.0	0.04	13.90	0.01	0.390	14.32	1.24	10.8	88.5	0.7	-5.37	0.79	0.84	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63144	8212	34	0	0	0	0	logfile
✘	6SCT	0126	2024-02-24	2019-07-25	4.69	4.38	4.14	4.0	0.004	0.75	3.0	0.04	15.13	0.00	2.104	6.11	0.27	7.5	92.4	0.1	-3.74	0.81	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40680	4947	15	0	0	0	0	logfile
✘	6PW6	20500	2024-02-16	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.022	1.83	0.0	0.11	13.61	0.01	2.200	1.61	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	6PVQ	20497	2024-02-17	2019-07-21	4.75	4.68	—	4.6	0.008	1.32	0.0	0.06	13.01	0.01	2.244	9.74	1.15	14.4	85.2	0.4	-5.23	0.66	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17640	2160	4	0	0	0	0	logfile
✘	6PV6	20486	2024-02-16	2019-07-19	4.5	5.79	—	3.8	0.006	1.04	0.0	0.05	10.65	0.01	1.373	9.47	0.31	11.0	88.9	0.1	-4.72	0.60	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	6SB3	10134	2024-02-18	2019-07-18	3.5	3.63	3.51	3.7	0.002	0.56	0.0	0.04	13.00	0.00	2.104	13.24	0.00	4.9	95.1	0.0	-2.84	0.68	0.71	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75712	9664	32	0	32	0	0	logfile
✘	6PUT	20481	2024-02-15	2019-07-18	2.9	3.22	2.96	3.2	0.007	0.82	0.0	0.05	19.07	0.01	0.000	5.13	0.20	2.5	97.5	0.0	-3.43	0.73	0.90	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10976	1170	28	68	8	308	0	logfile
✘	6SAG	10130	2024-02-13	2019-07-16	2.0	2.11	2.01	2.1	0.004	0.65	0.0	0.04	13.90	0.00	0.351	2.79	0.00	2.6	97.4	0.0	-0.33	0.58	0.86	6.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54080	6120	240	120	240	2840	0	logfile
✘	6PTJ	20471	2024-02-22	2019-07-15	3.8	4.13	—	4.0	0.008	1.12	1.0	0.06	14.87	0.01	2.011	6.46	0.39	10.6	89.2	0.2	-5.32	0.86	0.82	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34361	4280	14	0	0	0	0	logfile
✘	6PP5	20419	2024-02-21	2019-07-05	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32118	2063	13	0	18	0	16112	logfile
✘	6PP7	20421	2024-02-22	2019-07-05	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32499	2081	13	0	25	0	16296	logfile
✘	6Po1	20406	2024-02-13	2019-07-03	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53244	3407	20	0	18	0	26717	logfile
✘	6PoD	20412	2024-02-13	2019-07-03	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53637	3427	20	0	25	0	26898	logfile
✘	6PM5	20388	2024-02-16	2019-07-01	3.1	3.38	—	3.4	0.002	0.49	0.0	0.06	11.10	0.00	2.275	4.99	0.00	2.4	97.6	0.0	-4.42	0.52	0.78	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13975	1735	15	0	15	0	0	logfile
✘	6PK7	20355	2024-02-17	2019-06-28	3.1	3.55	—	3.5	0.011	1.25	8.0	0.07	12.86	0.01	1.655	11.20	0.41	8.6	91.2	0.2	-4.98	0.66	0.81	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17820	2228	8	0	8	0	0	logfile
✘	6KAF	9957	2024-02-23	2019-06-22	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104363	9607	104	0	552	0	0	logfile

• ← previous
• Page 36 of 46
• next →