Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6KAC	9955	2024-02-19	2019-06-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77947	7858	126	0	318	595	0	logfile
✘	6KAD	9956	2024-02-23	2019-06-21	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105342	9734	94	0	560	0	0	logfile
✘	6PCi	20301	2024-02-17	2019-06-17	4.12	4.25	—	4.1	0.009	1.05	0.0	0.06	10.80	0.01	2.268	6.36	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.72	0.85	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18828	2382	24	0	27	0	0	logfile
✘	6K9L	9950	2024-02-21	2019-06-16	4.27	4.50	—	4.2	0.001	0.49	0.0	0.04	9.31	0.00	2.240	4.79	4.95	4.6	95.4	0.0	-3.11	0.84	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30601	5103	2	0	0	0	0	logfile
✘	6PB1	20285	2024-02-14	2019-06-12	2.8	3.39	—	3.4	0.003	0.79	0.0	0.06	9.37	0.01	2.288	4.32	0.00	1.9	98.1	0.0	-2.93	0.56	0.75	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1069	7	0	9	0	0	logfile
✘	6P7N	20267	2024-02-23	2019-06-06	4.9	9.02	6.14	4.9	0.002	0.53	0.0	0.04	15.22	0.00	2.152	6.63	1.33	5.6	94.4	0.0	-3.30	0.81	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20356	2352	10	52	4	0	0	logfile
✘	6RW6	10033	2024-02-22	2019-06-04	2.75	2.81	—	2.7	0.011	0.96	0.0	0.06	9.75	0.01	2.148	4.16	0.00	2.2	97.8	0.0	-3.68	0.85	0.87	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98645	12425	5	0	0	0	0	logfile
✘	6RW4	10021	2024-02-17	2019-06-03	2.97	2.14	2.98	2.8	0.008	0.67	0.0	0.08	18.29	0.01	1.650	2.42	0.06	3.0	97.0	0.1	-2.57	0.85	0.84	4.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	128080	5920	47	955	85	59	59211	logfile
✘	6RVR	10010	2024-02-23	2019-05-31	3.46	3.63	—	3.5	0.008	0.75	0.0	0.05	14.89	0.00	2.082	8.59	0.57	10.3	89.7	0.0	-4.34	0.81	0.85	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37716	4680	12	0	0	0	0	logfile
✘	6K42	9912	2024-02-14	2019-05-23	4.1	4.04	—	4.1	0.005	0.82	0.0	0.05	9.24	0.01	2.288	4.50	0.31	5.4	94.6	0.0	-4.37	0.60	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8816	1116	6	0	1	0	0	logfile
✘	6K33	9908	2024-02-20	2019-05-16	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137634	12681	112	0	759	21	0	logfile
✘	6oVH	20212	2024-02-15	2019-05-07	2.6	2.81	2.71	2.8	0.014	1.10	0.0	0.04	17.48	0.01	1.203	1.15	4.55	1.0	99.0	0.0	-6.34	0.75	0.87	4.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10895	1272	36	0	68	171	0	logfile
✘	6K0A	30036	2024-02-18	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	22.49	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	6RLA	4917	2024-02-24	2019-05-01	3.9	4.09	3.89	3.9	0.007	1.16	0.0	0.06	11.43	0.01	2.116	3.84	0.35	7.9	92.1	0.0	-3.78	0.84	0.77	1.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43034	5500	4	0	10	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2024-02-16	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	13.18	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	6RKD	4907	2024-02-20	2019-04-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25290	3234	24	0	90	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2024-02-21	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	6RHZ	4883	2024-02-21	2019-04-23	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53055	2783	20	0	193	0	21167	logfile
✘	6oo4	20145	2024-02-17	2019-04-22	3.3	3.45	3.23	3.5	0.013	1.10	0.0	0.06	10.41	0.01	1.858	2.96	0.00	3.4	96.6	0.0	-2.86	0.47	0.64	4.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18452	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	6oo7	20148	2024-02-16	2019-04-22	3.8	4.25	3.77	4.0	0.013	1.08	0.0	0.06	10.20	0.01	2.273	4.27	0.00	3.5	96.5	0.0	-1.41	0.75	0.78	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16860	2394	8	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 37 of 46
• next →