Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6oo7	20148	2024-02-16	2019-04-22	3.8	4.25	3.77	4.0	0.013	1.08	0.0	0.06	10.20	0.01	2.273	4.27	0.00	3.5	96.5	0.0	-1.41	0.75	0.78	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16860	2394	8	0	4	0	0	logfile
✘	6oo5	20146	2024-02-17	2019-04-22	4.2	4.30	4.10	4.2	0.012	1.05	0.0	0.06	10.64	0.01	2.246	3.18	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.65	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17548	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	6RH3	4882	2024-02-20	2019-04-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26300	3207	9	58	4	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2024-02-18	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6oLL	20116	2024-02-18	2019-04-16	4.1	4.59	—	4.4	0.004	1.05	0.0	0.06	6.94	0.01	2.400	0.40	0.00	2.0	97.8	0.2	-0.51	0.67	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10426	2114	6	0	0	0	0	logfile
✘	6JV2	9889	2024-02-14	2019-04-15	4.4	5.59	—	4.4	0.011	1.30	1.0	0.06	16.74	0.01	2.116	19.38	1.92	13.3	86.5	0.3	-4.61	0.83	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111080	14564	16	0	24	0	0	logfile
✘	6RDP	4826	2024-02-22	2019-04-12	2.8	2.95	2.97	3.0	0.011	1.07	0.0	0.06	14.80	0.01	2.023	6.71	0.65	5.4	94.3	0.3	-3.78	0.67	0.83	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33891	4502	25	0	10	0	0	logfile
✘	6RBD	4792	2024-02-19	2019-04-10	3.47	3.74	3.51	2.5	0.006	0.97	0.0	0.05	22.06	0.01	2.223	6.31	0.28	5.3	94.6	0.0	-3.01	0.90	0.81	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81048	5450	35	1777	0	0	0	logfile
✘	6RBE	4795	2024-02-18	2019-04-10	3.8	3.81	4.03	5.1	0.007	1.27	0.0	0.06	23.46	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.38	0.09	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	6RBE	4794	2024-02-18	2019-04-10	3.8	4.03	3.73	40.0	0.007	1.27	0.0	0.06	23.46	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.25	0.02	0.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	6JSi	9882	2024-02-14	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	6JRR	9879	2024-02-13	2019-04-05	3.9	4.09	—	3.9	0.010	1.14	4.0	0.06	15.94	0.01	1.827	8.44	0.80	10.2	89.5	0.2	-5.20	0.76	0.81	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109132	14268	12	0	16	0	0	logfile
✘	6JRS	9880	2024-02-14	2019-04-05	3.7	3.86	—	3.7	0.010	1.08	0.0	0.06	16.41	0.01	2.225	8.77	0.90	12.4	87.2	0.3	-5.87	0.74	0.80	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112168	14652	20	0	24	0	0	logfile
✘	6R93	4767	2024-02-18	2019-04-02	4.0	4.29	—	4.1	0.010	1.48	2.0	0.10	29.02	0.01	1.600	2.04	0.00	2.5	97.0	0.5	0.30	0.78	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22961	775	10	290	0	0	10123	logfile
✘	6oGE	20055	2024-02-15	2019-04-02	4.36	4.64	—	4.4	0.008	1.16	0.0	0.06	13.40	0.01	2.203	12.45	0.16	13.5	86.4	0.1	-4.34	0.80	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11494	1489	7	0	9	0	0	logfile
✘	6oFG	20045	2024-02-15	2019-03-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-6.09	—	—	4.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10980	1404	18	0	0	0	0	logfile
✘	6JP8	9867	2024-02-18	2019-03-26	2.7	2.51	—	2.6	0.013	1.48	8.0	0.12	16.09	0.01	1.877	25.96	6.07	7.2	92.3	0.5	-4.05	0.38	0.52	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21801	2694	14	0	29	0	0	logfile
✘	6JPB	9869	2024-02-18	2019-03-26	2.9	3.09	—	3.1	0.015	1.48	3.0	0.12	16.40	0.01	1.739	21.16	4.38	8.5	91.1	0.4	-4.25	0.61	0.77	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21989	2694	14	0	35	0	0	logfile
✘	6JP5	9866	2024-02-18	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.016	1.54	4.0	0.13	16.26	0.01	1.921	28.83	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile
✘	6o9K	0662	2024-02-25	2019-03-14	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.96	—	—	—	4.0	0.007	0.92	2.0	0.04	24.18	0.01	1.729	49.48	5.60	12.2	87.1	0.7	-2.94	—	0.92	0.86	—	146597	6162	55	4594	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 38 of 46
• next →