Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6R0Y	4700	2024-02-23	2019-03-13	3.9	3.89	—	3.9	0.009	1.08	0.0	0.06	10.27	0.01	2.169	5.26	0.31	7.3	92.7	0.0	-4.22	0.84	0.84	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40169	5845	28	0	3	0	0	logfile
✘	6R0Z	4702	2024-02-23	2019-03-13	3.8	3.83	—	3.8	0.007	0.97	1.0	0.06	9.78	0.01	2.152	4.34	0.19	6.2	93.8	0.0	-3.88	0.85	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40184	5847	27	0	3	0	0	logfile
✘	6o90	0660	2024-02-20	2019-03-12	3.49	3.96	—	3.5	0.007	1.04	0.0	0.05	22.76	0.01	2.125	5.34	0.46	13.8	85.9	0.3	-4.68	0.86	0.82	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138532	5232	53	4547	4	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2024-02-14	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.010	0.91	0.0	0.05	22.81	0.01	2.040	33.34	0.04	10.7	88.8	0.5	-2.23	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	6JLU	9839	2024-02-23	2019-03-06	3.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	102777	9704	128	0	820	1	0	logfile
✘	6QUM	4640	2024-02-24	2019-02-27	3.25	3.47	—	3.4	0.007	1.10	0.0	0.06	10.75	0.01	2.095	4.88	0.82	6.7	93.2	0.0	-3.78	0.83	0.87	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44900	5874	27	0	3	0	0	logfile
✘	6o2P	0611	2024-02-14	2019-02-24	3.3	3.80	—	3.8	0.014	1.83	0.0	0.64	22.92	0.00	1.908	0.66	1.16	4.5	95.5	0.0	-3.17	0.51	0.72	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9767	1179	3	0	29	0	0	logfile
✘	6JiY	9837	2024-02-14	2019-02-24	3.9	4.05	—	3.9	0.008	1.06	1.0	0.05	15.54	0.01	2.203	7.76	0.47	12.2	87.5	0.2	-5.76	0.73	0.78	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115288	15056	20	0	32	0	0	logfile
✘	6JiU	9836	2024-02-14	2019-02-23	4.2	4.52	—	4.2	0.006	1.01	9.0	0.05	15.69	0.01	2.218	10.69	0.51	10.3	89.5	0.2	-5.44	0.78	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112212	14684	20	0	24	0	0	logfile
✘	6o1N	0593	2024-02-17	2019-02-21	2.9	3.21	—	3.8	0.011	1.37	12.0	0.07	11.02	0.01	1.856	9.13	1.51	6.4	93.1	0.5	-6.01	0.60	0.73	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19608	2448	4	0	0	0	0	logfile
✘	6Jii	9834	2024-02-14	2019-02-21	4.2	4.38	—	4.1	0.008	1.12	0.0	0.06	11.51	0.01	2.208	7.63	0.57	11.2	88.4	0.4	-4.07	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115028	15012	16	0	16	0	0	logfile
✘	6Ji8	9833	2024-02-14	2019-02-20	3.6	3.80	—	3.7	0.010	1.26	8.0	0.06	11.98	0.01	2.196	8.60	1.03	10.5	89.0	0.5	-4.77	0.73	0.77	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115060	15024	16	0	4	0	0	logfile
✘	6o1D	0586	2024-02-15	2019-02-19	3.395	3.57	—	3.5	0.010	0.95	1.0	0.05	28.02	0.01	2.317	2.17	0.00	3.4	96.6	0.0	-4.72	0.79	0.87	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11982	761	10	290	0	0	0	logfile
✘	6Ji0	9831	2024-02-13	2019-02-19	4.2	4.40	—	4.2	0.007	1.15	0.0	0.06	11.78	0.01	2.204	7.43	0.86	12.9	86.9	0.3	-4.44	0.73	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109772	14332	12	0	16	0	0	logfile
✘	6JHN	9826	2024-02-13	2019-02-18	4.5	7.49	—	4.4	0.010	1.23	0.0	0.06	16.52	0.01	2.114	19.26	1.44	13.9	85.8	0.3	-4.27	0.85	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109488	14332	12	0	12	0	0	logfile
✘	6JH6	9825	2024-02-13	2019-02-17	4.8	5.31	—	4.8	0.006	1.07	1.0	0.05	11.44	0.01	2.197	12.11	0.58	10.8	88.9	0.3	-4.03	0.79	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108924	14244	12	0	8	0	0	logfile
✘	6JGZ	9824	2024-02-13	2019-02-16	4.6	4.96	—	4.6	0.007	1.13	0.0	0.06	11.54	0.01	2.171	11.98	0.73	11.3	88.3	0.4	-4.06	0.78	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109824	14368	12	0	4	0	0	logfile
✘	6NZo	0559	2024-02-15	2019-02-14	3.8	4.12	—	4.0	0.007	0.93	0.0	0.06	27.02	0.01	2.313	3.45	0.12	4.8	95.1	0.1	-1.08	0.78	0.76	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13738	985	11	290	3	0	0	logfile
✘	6NY2	8996	2024-02-14	2019-02-10	3.2	3.56	—	3.4	0.007	1.02	0.0	0.05	22.80	0.01	2.266	6.07	0.66	15.6	83.6	0.8	-4.66	0.78	0.83	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10538	794	4	180	121	0	0	logfile
✘	6NWA	0524	2024-02-20	2019-02-06	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137509	12666	96	0	771	0	0	logfile

• ← previous
• Page 39 of 46
• next →